乡村卫生机构以公有制为主导，鼓励多种经济成分卫生机构的发展。根据各地区实际，乡镇卫生院可以由政府和集体投资举办，也可以合作经营。乡镇内未设卫生院的可与区域内的农场、林场等企业的医疗机构联合办卫生院。村卫生所可以由村委会举办，也可以由村委会与卫生院联办或与乡村医生联办；村集体无能力举办的，可以由村医联办；其中对不具备村医联办条件(村内仅有一名乡村医生)的边远、贫困村，可以由村医承办。在符合当地区域卫生规划和医疗机构设置规划的情况下允许社会、个人投资举办医院和医疗诊所，作为乡村卫生机构的补充。
乡镇卫生院是向农村居民提供预防、保健、健康教育、基本医疗等综合性卫生服务，并且兼有部分卫生行政管理职能的非营利性机构。乡镇卫生院的人员、业务、经费等由县级卫生行政部门按职责管理。县卫生行政部门要采取有效的监管形式，加强对乡镇卫生院人事、财务、资产的管理。
乡镇政府和村民委员会对发展农村卫生事业，保护农民健康负有重要责任。要为乡村医生开展工作提供条件，为乡村医生进修学习提供方便，给予支持；要配合卫生行政部门，积极做好卫生工作，将农村卫生事业发展纳入乡村经济社会发展和乡村建设规划；支持乡村卫生组织基础设施改造和建设，不断改善农村居民的医疗卫生条件，并动员和组织社会各方面的力量共同发展农村卫生事业，提高农村居民的健康水平和生活质量。
三、健全农村卫生服务网络
农村卫生服务网络包括县医院、中医院、疾病控制中心、妇幼保健院、乡镇卫生院和村卫生所(室)。各级政府要优化县(市)、乡、村卫生资源配置，加强和完善卫生服务网络功能，改善服务质量，提高服务效率。县级医疗卫生机构要全面落实农村卫生工作方针和任务，加强对农村卫生技术指导的责任，制定乡村卫生技术指导、人员培训规划，发挥培养农村卫生人才的作用。县医院、中医院要承担乡村卫生机构的医疗技术指导、质量管理和转诊，解决农民危重、疑难病症的诊治。县级疾病控制中心、妇幼保健院除承担计划免疫、地方病防治、孕产妇儿童系统管理等项工作外，还应把预防保健工作重点逐步深入到农村基层。县级卫生行政执法机构要根据卫生监督体制改革的精神和原则，充实力量，加大巡回监督力度。
乡村卫生机构的设置由县级卫生行政部门依据区域规划和医疗机构设置规划确定，并根据服务人口、服务半径、地理条件、交通状况、疾病发病情况等确定乡镇卫生院、村卫生所设置规模。同时要从优化资源配置、兼顾农民实际需求出发，适时调整乡镇卫生院和村卫生所的规模和布局。每个乡镇原则上只设1所卫生院，已撤并的乡镇，其卫生院可根据实际情况予以保留或更名为卫生所或其他医疗机构，其行政、业务由区划调整后的乡镇卫生院实行乡村一体化管理，并完成其指令性任务。乡镇卫生院要协助卫生行政部门进行农村卫生执法工作；要加强对村级卫生组织的指导与监管，完善乡村卫生服务管理一体化，提高乡村卫生组织的综合服务能力；要坚持预防保健工作与医疗服务相结合，确保公共卫生工作的落实；要提高基本医疗服务水平，尤其要增强产科、计划生育、急救等服务功能。除中心乡镇卫生院外，一般乡镇卫生院不向医院模式发展。在经济发达地区，乡镇卫生院可转向社区卫生服务职能。
