为了加强对公益类型科研机构的管理，省科技行政部门将制定专门的考核和管理办法，对这类机构实行动态管理，每两年评估一次，每四年筛选一次。
（二）大力推进技术开发类型和咨询服务类型科研机构的体制改革
按照粤府［1999］51号文要求，省直技术开发类型科研机构要由事业法人转制为企业法人，领取企业法人营业执照；绝大部分省直咨询服务类型科研机构要由科研事业型向科技经营型或中介服务型转变，有条件的要尽快转为企业法人。
（三）深化公益型科研机构的体制改革
省9个公益类型科研机构作为科研事业单位，按非营利性机构运行和管理，但要调整业务方向，分流人员，实行研究主体和产业实体并存的发展模式；其中具有面向市场能力的部分，要逐步向企业化转制并与原科研机构分离，组建产业实体，按企业管理运作，并将科技成果转化为有形产品或通过提供有偿技术服务取得经济回报养活自己和支持本单位的科研主体，条件成熟时转制为企业；其研究主体主要通过争取承担政府委托的任务和竞争国家各类科技计划项目，获得财政对其科研骨干力量的稳定支持，有条件的，也可以结合实际开展必要的应用基础研究。研究主体的人员总体上按省编办批准其机构改革方案中核定编制数的80％左右保留。
这类科研机构要按照中共中央组织部、
人事部、科技部联合印发的《关于深化科研事业单位人事制度改革的实施意见》（人发〔2000〕30号）深化本单位的体制改革：全面推行聘用制度和全员劳动合同制度；实行职务工资、课题工资、特聘补助、产权分红相结合的分配制度；有条件的，其主管部门要转变管理方式，变直接管理为通过参加科研机构的理事会实行间接管理，实行理事会决策、监事会监督、院（所）长负责的管理体制；建立“开放、流动、竞争、协作”的管理和运行机制，使优秀人才能进得来，骨干人员能留得住，分流人员能出得去。
（四）加强科研和教育结合
鼓励和支持公益类型科研机构在相互自愿的基础上进入高等学校，与高等学校合并或开展多种形式的合作。
（五）建立若干个区域性农业试验中心
按省的综合农业区划，根据地区代表性、现有研究开发力量和研究基础，选择若干个地级市市级农业科研机构，加大支持力度，使其成为区域性农业试验中心，承担国家和省重大项目相关的区域性试验、表征、示范工作，从事重大农业科技成果的引进、二次开发和技术推广，与省公益类型农业科研机构构成全省农业科技服务与技术扩散网络，为“三高”农业与可持续发展服务。
