2.审核。区海洋与渔业行政主管部门在接到申请书后应认真审查申请材料，并会同有关单位人员进行现场勘测，确认标界，核实有关情况，对符合办证条件的，发给养殖使用权申请表进行填报。区海洋与渔业行政主管部门应自收到申请之日起30天内完成审核。
3.公示。发证前由区海洋与渔业行政主管部门张榜公示，接受群众监督，公示时间为15天。公示时间内没有回应的，视作没有异议。
4.批准。对符合发证条件规定的，区海洋与渔业行政主管部门经报请区政府(管委会)批准，给予颁发《中华人民共和国水域滩涂养殖使用证》。对不符合发证条件的，区海洋与渔业行政主管部门应从接到申请书即日起30天内书面告知申请人，并说明理由。
(二)发证要求。
1.核发养殖证，应优先安排当地渔业生产者。原已领取《广东省养殖使用证》的单位和个人，所领取的使用证未到期的，到区海洋与渔业行政主管部门换发《中华人民共和国水域滩涂养殖使用证》；已到期的，按规定程序重新办理手续，申请领证。
2.存在争议、纠纷或界限不明确的水域滩涂，暂不发证。渔业生产者之间对水域滩涂界线或权属有争议的，当事人双方可自行协商解决，也可申请区海洋与渔业行政主管部门协商解决，协商不了的，依法裁决。
3.核发养殖证，应以保护环境和资源、合理利用资源、促进可持续发展为原则。不得在航道、锚地、港口及产卵场、重要苗种场、传统捕捞作业渔场、水产种质资源保护区等重要渔业水域核发养殖证。
4.属集体所有或全民所有的水域滩涂由农业集体经济组织使用并被发出承包的，在承包人按规定签订承包合同前，经所在地镇人民政府同意，向区海洋与渔业行政主管部门申领水域滩涂养殖使用证。凡未申领养殖使用证的，一律不得承包水域滩涂进行养殖。
5.对已预征的浅海滩涂，经市国土资源行政主管部门核准，由区海洋与渔业主管部门发放养殖证。已统征的水域滩涂经市国土资源行政主管部门核准，一律发放临时养殖证。
四、养殖证管理
(一)区海洋与渔业行政主管部门必须建立水域滩涂养殖使用证档案管理制度，对有关文件、界至图及资料进行编号登记，填写档案卡，归档妥善保存。
(二)水域滩涂养殖证有效期最高年限分别为：深海30年，池塘30年，湖泊、水库、河沟10年，滩涂15年，临时养殖区2年。
(三)养殖证实行年审制度，由区海洋与渔业行政主管部门办理。
