为了解决生鲜超市纳税人跨县(市)、区收购难以取得普通发票而影响其增值税税款的抵扣问题，凡实行增值税一般纳税人管征的生鲜超市在本市内跨县(市)、区收购农业生产者自产农产品的，准予领购并开具收购专用发票，但不得跨地(市)、省(市)使用。
三、理顺生鲜超市租赁经营场所水电费抵扣问题。
对生鲜超市纳税人租赁经营场所的，自来水公司、电业局、经营场所出租单位要予以支持，能单独安装水表、电表，要单独计量生产经营用水、用电量，由自来水公司或电业局直接开具专用发票给生鲜超市纳税人，并直接向生鲜超市纳税人收款；若不能单独安装水表、电表，无法单独计量生产经营用水、用电，由经营场所出租单位按生鲜超市纳税人生产经营实际耗水、耗电量(包括公共用水、用电分摊数)确定其实际用水、用电量，然后依双方签字盖章的用水、用电证明将各自的水费、电费分别汇入自来水公司和电业局的账户，由自来水公司和电业局凭双方签字盖章的证明为生鲜超市纳税人开具相应的增值税专用发票。
四、简化生鲜超市纳税申报付款凭证报送手续。
鉴于生鲜超市经营进货批次多，相对应的付款凭证数量较大，在纳税申报的同时报送进项税额相应的付款凭证较为繁琐，且难于现场审核。对生鲜超市，允许其在纳税申报时以付款清单(具体格式由各基层国税管理机关自定)替代付款凭证复印件。各主管国税局对此类企业要开展纳税评估工作，加强对其进项付款情况的征后审核，对违反规定的按《征管法》和相关法规、文件的规定处理。
五、允许抵扣生鲜产品正常损耗部分。
生鲜超市经营的生鲜产品存在一定的损耗，对于其中的正常损耗部分，准予具有一般纳税人资格的超市抵扣相应的进项税额；对于非正常损耗部分，也就是生产经营过程中正常损耗外的损失(包括：自然灾害损失；因管理不营造成货物被盗窃等损失；其他非正常损失)，则应做进项税额转出处理。税务机关要加强损耗的管理工作。
六、规范物流配送、运输和仓储等环节的税收征管。
(一)对生鲜超市自有的农商一体化的实行非独立核算的物流配送中心为本企业提供的物流配送，在配送环节不征收增值税，但要在销售时统一纳税；对独立核算的物流配送单位提供的转让货物(包括农产品)所有权的物流配送，按规定征收增值税，同时允许其认定增值税一般纳税人，按规定取得进项凭证抵扣进项税额，并开具增值税专用发票给超市。
