省级水利建设基金预算包括省级水利建设基金收入预算和省级水利建设基金支出预算。
(一)省级水利建设基金收入预算的编制。省财政部门根据省级水利建设基金的收入来源，在科学预测的基础上，由水利建设基金征收管理单位商有关部门、单位提出省级水利建设基金的收入预算(草案)，并报省人民代表大会批准。
(二)省级水利建设基金支出预算的编制。
省水利主管部门根据水利建设基金收入预算(草案)，按照收支平衡的原则和我省水利建设发展规划和年度计划，本着先急后缓，先重点后一般，确保水利工程安全的原则，在项目单位申请的基础上，编制年度省级水利建设基金支出预算建议计划。
省水利主管部门应于每年8月份将计划年度省级水利建设基金支出预算建议计划报省财政部门。
省财政部门对水利主管部门编制的省级水利建设基金支出预算建议计划进行审核，审核无误后报省政府，并按程序审批。
(三)省级水利建设基金预算的调整
省级水利建设基金支出预算一般不予调整。如遇特殊情况，省水利主管部门提出调整意见，经财政部门审核，按程序报有权部门批准后可予以调整。其中，支出预算的追加、追减，可视收入预算的增减，经省水利主管部门提出意见，按规定程序报批后予以调整。
(四)省级水利建设基金的拨付
省级水利建设基金预算经省人民代表大会批准后，省财政厅按规定时间、程序批复到省级水利主管部门。
省级水利主管部门应根据项目建设情况，制定水利建设基金使用计划，向省级财政部门提出资金使用申请。
省财政部门对省级水利主管部门提交的拨款申请书进行审核，经审核无误后，按照项目建设进度拨付资金。
对使用省级水利建设基金的项目，按照项目预算管理，其中属基本建设性质的，按照基本建设程序管理。水利主管部门应定期向财政部门报送资金使用情况和项目建设进度表及相关材料。
第六条 省级水利建设基金决算的编制
预算年度终了，省级水利主管部门和单位应根据省财政厅的要求应及时编报水利建设基金决算草案。
省级水利建设基金收支决算，必须符合法律、法规和规章的规定和省财政厅汇编决算的要求，做到收支数额准确、内容完整、报送及时。
省级水利建设基金收支决算草案应在对全年收入和支出进行清理核对的基础上进行，不得随意调整收支数字，转移资金。决算的各项数字必须以经过核实的基层单位会计数字为准，汇总编报。
