一是地方部门利益驱动，大局观念不强。从自治区水利建设基金来源来看，无论是从当地水费收人集中10％，还是从地方税种城建税缴入自治区国库5％，各地州都未能从自治区加强水利建设宏观调控的大局出发，而是片面狭隘的认为自治区挖了属于地州的一块财政收入，与其上缴自治区不如留在基层水管部门，这种情况在财政较为困难的地县更为严重。由于这种地方部门利益的驱动，各地州基本没有转发“两个《暂行办法》”，直接影响了水利建设基金有关政策的贯彻执行。
二是水管、国库等征收部门未认真履行自身职责，工作协调不够。水管部门为维护自身利益只管征收不管上缴，管理部门未严格履行自身管理职责及时催缴分成上划属自治区基金收入部分，加之自治区集中的水利建设基金，预算拨付补助及项目管理工作还不够完善，都影响了自治区“两个《暂行办法》”的贯彻执行。
通过审计发现，乌鲁木齐、库尔勒等11个有重点防洪任务的城市普遍存在不落实《
新疆维吾尔自治区水利建设基金筹集和使用管理实施暂行办法》第
三条三款规定的问题。1999年，11市“城市维护建设税收入”应划缴的地方水利建设基金有9788万元没有到位，其中：自治区本级财政3264万元，十一个城市财政6524万元。另外，乌鲁木齐市、阿克苏地区和自治区水利厅直属金沟河流域管理处和头屯河流域管理处也存在严重违反《
新疆维吾尔自治区水利建设基金筹集和使用管理实施暂行办法》第
三条第一款规定的问题。2000年，阿克苏地区本级及阿克苏市、库车县等6县市水利建设基金未缴自治区国库数额达1000．75万元；乌鲁木齐市本级、乌鲁木齐县及东山区未缴款数额为372．14万元。1998至2001年，自治区水利厅直属金沟河流域管理处和头屯河流域管理处应缴未缴自治区水利建设基金达800．86万元。
为进一步加强自治区水利建设基金筹集工作力度，确保自治区水利建设基金及时足额筹集到位，现提出以下意见：
一、严格执行“两个《暂行办法》”的有关规定，保证自治区水利建设基金落实到位。各地州要充分认识贯彻落实“两个《暂行办法》”的重要意义，自觉服从大局，将“两个《暂行办法》”的各项规定落到实处。各级财政部门要切实履行管理职责，严格按照规定的比例及时全额划转和上缴属于自治区的水利建设基金收入部分。保证自治区水利建设资金全面落实到位，增强自治区水利建设的宏观调控能力。
二、全面清理检查和完善各项制度。自治区财政厅会同自治区水利、计划等有关部门，组织力量对全区水利基金管理及收缴入库情况进行一次清理检查，检查的时间范围从1998年至2001年，重点检查各地州“两个《暂行办法》”落实情况及财政部门划缴上解自治区水利建设基金情况，督促各地州将以前年度应缴未缴自治区基金收入于2003年6月底以前足额补缴自治区国库。自治区财政厅要进一步完善水利基金管理制度和办法，对长期拖欠不缴自治区水利建设基金收入的，要采取切实措施，从自治区财政补助中予以抵扣。检查中发现有截留、挪用水利基金的，要严肃处理，并追究有关责任人的责任。
