根据“高致病性禽流感”防治工作的需要，由市畜牧兽医站在农贸市场、养殖场定期进行动物间禽流感监测，一旦发现“高致病性禽流感”疫情，由市畜牧兽医站派专人通报市疾病预防控制中心，由市疾病预防控制中心组织对“高致病性禽流感”的密切接触者进行人群监测。
其它各级各类医疗机构要按照传染性非典型肺炎的疾病分类及诊断标准，开展病人筛选，发现有可疑症状的病人，及时向区县疾病预防控制中心报告。
(二)监测网络
监测网络由市和区县疾病预防控制中心、各监测点医院以及其它相关部门、单位组成。
监测网络流程(略)
二、监测与控制工作的程序和内容
(一)监测信息报告与汇总
各监测点医疗机构及市、区县疾病预防控制中心要按照市卫生局的安排，开展传染性非典型肺炎疫情的监测和报告。
报告流程和时限，见《上海市传染性非典型肺炎监测点监测报告流程图》(附件4)。
监测点医疗机构、定点医疗机构、市和区县疾病预防控制中心要按照《上海市传染性非典型肺炎病例报告实施办法》(附件5)，做好全市传染性非典型肺炎留院观察病例、疑似病例和临床诊断病例等资料的收集、分析与报告工作，并做到每日报告。
市卫生局指定市疾病预防控制中心及时掌握世界卫生组织、美国疾病预防控制中心等国外卫生机构、国家及有关省市疾病预防控制中心等传染性非典型肺炎的相关信息资料和动态，并撰写《疾病动态简报》，报有关领导及各相关部门参阅。
上海出入境检验检疫局在国境口岸发现有传染性非典型肺炎可疑症状的病人时，要立即通报市卫生局防病指挥部；市畜牧兽医站发现有动物间“高致病性禽流感”流行时，要立即通报市疾病预防控制中心。
各类工作报表见附件、附表。
(二)流行病学调查
市、区县疾病预防控制中心要按照《上海市传染性非典型肺炎流行病学调查实施方案》(附件6)，做好病人流行病学调查工作。
留院观察病例由区县疾病预防控制中心进行流行病学个案调查，填写《个案调查表》，一式两份，一份由区县疾病预防控制中心保存备查，另一份报市疾病预防控制中心。
疑似病例、临床诊断病例由市疾病预防控制中心会同区县疾病预防控制中心进行流行病学个案调查，填写《个案调查表》(一式两份)，由市、区县疾病预防控制中心保存备查。
市、区县疾病预防控制中心在对疑似病例、临床诊断病例进行流行病学个案调查时，要追踪调查该病例的所有密切接触者，掌握密切接触者与患者的关系、与病人接触的时间、地点、接触方式等并做好记录。同时，填写《密切接触者医学观察通知单》，通知密切接触者所在地的社区卫生服务中心(乡镇卫生院)实施医学观察。
留院观察病例在观察期满48小时，仍不能排除非典型肺炎可能的，则也要对此类留院观察病例的密切接触者开展医学观察。
(三)病例的分类及判定
本预案所及的传染性非典型肺炎病例分类为：留院观察病例、疑似病例、临床诊断病例。其中，疑似病例、临床诊断病例的诊断标准，按照中国疾病预防控制中心制定的《传染性非典型肺炎病例的临床诊断标准(试行)》(附件7)执行。留院观察病例是指医疗机构在临床诊治中发现有类似传染性非典型肺炎症状、体征、流行病学史、实验室检查结果，但尚不能判断为疑似病例的病人，即《传染性非典型肺炎病例的临床诊断标准(试行)》中的1.2＋2＋3病人。
