(一)市卫生局
成立市卫生局防病领导小组，领导防病工作。成立市卫生局防病指挥部，具体开展卫生防病任务的协调、实施和督查工作。
(二)区县卫生局
在区县政府的领导下，根据市卫生局的安排，协调辖区内各有关部门、各级各类医疗卫生机构，落实各项防病措施并开展督查，掌握本辖区的疫情动态，向区县政府、市卫生局报告；做好防病必需的技术和物资准备；依托社区开展市民健康教育工作。
(三)市疾病预防控制中心
确定监测点，建立监测网络，及时掌握、分析、报告疫情动态，提出防治对策；开展流行病学调查，承担实验室检测任务；负责疫情现场处置，指导区县做好疫点处理工作；对区县疾病预防控制中心开展业务培训、指导和督查工作。
(四)区县疾病预防控制中心
督促落实辖区内监测点医疗机构做好疫情监测工作，及时上报监测信息；做好病人流行病学个案调查、样品采集工作，及时报告病例动态情况；承担疫情现场处置工作；确定密切接触者，督导街道、乡镇落实密切接触者的医学观察工作。
(五)各级各类医疗机构
建立由主要领导直接负责的医院防病工作小组，建立院内工作流程，将各项工作落实到人。加强医疗机构内的消毒等预防工作，重视医务人员的自身防护，防止医源性感染。做好病例监测、筛选、报告，对有可疑症状的病人在尚未明确诊断前要采取相应的临时隔离措施，预防疾病的传播。
1、定点医疗机构
成立专家工作组，负责留院观察病例、疑似病例、临床诊断病例的会诊、收治，积极救治病人；每日报告收治病人的动态情况；不断完善治疗方案，开展业务培训和指导。
2、监测点医疗机构
根据监测方案要求开展疾病监测和报告，对留院观察病例进行就地隔离治疗，每日报告收治的留院观察病例动态情况。
3、非监测点医疗机构
开展病人筛查，配合疾病预防控制机构做好转定点医疗机构隔离治疗的留院观察病例的现场流行病学调查及处理工作。
(六)社区卫生服务中心(乡镇卫生院)
做好密切接触者的医学观察及病人出院后的随访工作；指导开展环境消毒和个人防护；开展居民健康教育。
(七)市医疗急救中心
准备专用救护车和急救人员，负责病人转运。
(八)卫生监督部门
重点开展对医疗机构、公共场所的消毒隔离、传染病报告的监督检查。
(九)市防治专家咨询委员会
论证各项技术方案和诊疗常规，提供技术咨询，指导开展科学研究和科技攻关工作。
第三部分 疫情监测与控制
一、监测点设置与监测网络
(一)监测点设置
根据传染性非典型肺炎的流行特征及防治工作需要，目前本市暂定所有二、三级综合性医院为传染性非典型肺炎的监测点医院。市卫生局防病领导小组可根据疫情需要，适时调整监测点的设置。监测点医院要根据传染性非典型肺炎的疾病分类及诊断标准，开展病例监测，每日定时报告监测情况及收治病人的动态情况，执行“零报告”制度。
本市流感监测点按原方案继续开展流感、类流感的监测工作，其监测点包括徐汇区中心医院、市儿童医院、瑞金医院卢湾分院、北新泾社区卫生服务中心及部分幼托机构、学校、商场等。在传染性非典型肺炎防治工作期间，实施每日定时报告制度。
