十一、申请项目资助的单位应按照有关规定提交项目申请书、可行性报告(提纲)、财务资料和相应的附件资料。市属单位直接报送市相关部门和市财政局;区属单位须将上述材料报经同级主管部门和财政局初审，签署意见加盖公章后，再上报市相关部门和市财政局。
十二、市相关部门和市财政局负责受理各类申请项目和推荐拟资助项目(拟推荐项目确定前应充分听取专咨委的意见)。
十三、管理办公室根据市相关部门和市财政局的推荐，负责审定财政资助项目，指导和监管风险投资项目和融资担保项目的运作。
转化资金资助项目经批准后，按照资助方式分别办理手续，签订合同。合同须明确受资助项目的经济技术指标、进度安排、用款计划、项目风险处理及违约责任等各项标的。
十四、市相关部门应填写《杭州市级财政资金支出审批表》，并按市政府规定的财政资金支出审批程序及权限报批，经常务副市长或市长(市长办公会议)同意后，由市财政局拨付资金。
十五、项目承担单位收到的资助资金计入“专项应付款”，科目单独核算与反映，以后视企业的具体情况再行结算和处理。其中，属形成固定资产价值部分，转作“资本公积———国家独享资本公积金”，属核销部分，冲销“专项应付款”。
十六、财政资助项目由市相关部门担任项目管理方;风险投资项目和融资担保项目由市高科技风险投资公司担任项目管理方。
项目承担单位应建立项目预决算制度，切实履行合同，以取得预期效果;项目管理方应及时检查项目实施和资金到位、使用情况，协调解决项目实施中出现的各种问题，并在每年年底向管理办公室书面汇报该资金的使用情况和绩效。
十七、由于项目承担单位违反合同，致使项目无法继续实施的，由项目管理方根据合同约定，终止项目的实施，并依法对项目进行清算，保护投入资金不受进一步损害，并将结果及时报管理办公室;由于人为原因而造成项目失败的，将根据合同约定，依法追究责任。
十八、在项目实施过程中，确因不可抗拒因素，致使不能继续执行合同或项目实施结果无效益以至失败的，项目承担单位应根据合同约定，及时处理并向项目管理方提出报告，出具相关证明材料，由项目管理方审批后，及时报管理办公室。
