县级财政按实际参加合作医疗人数和补助定额对合作医疗给予资助，并按参加合作医疗人数及工作任务量等因素合理安排合作医疗经办机构的人员经费和工作经费。
县级财政根据实际需要和财力情况安排资金，对农村五保户和贫困农民家庭实行医疗救助，可以直接用于贫困农民家庭大病医疗费用的补助，也可以用于资助其参加新型农村合作医疗制度。
在中央财政通过专项转移支付对贫困地区农民贫困家庭医疗救助和中西部地区农村合作医疗支持的基础上，省级和市级财政要设立专项资金对农村合作医疗和贫困农民家庭医疗救助给予适当支持。
从2003年起，对按照全省农村合作医疗分年度实施规划启动的农村合作医疗的县(市)，在中央财政对参加新型农村合作医疗的农民每年人均补助10元的基础上，省、市、县三级财政每年人均补助不低于10元，实行分级负担。对国家及省扶贫开发工作重点县，省、市、县三级财政的补助比例分别为4：3：3；对其他县(市)，省、市、县三级财政的补助比例分别为3：3：4。中央及省、市级财政补助不包括市区以内的农民，城市所辖区的农民合作医疗补助由当地政府安排。
乡级财政是否对合作医疗和医疗救助资助，由县级人民政府确定。
各级财政部门要根据省政府制定的全省农村合作医疗分年度实施规划确定的试点范围和进度，按年度安排财政补助资金，并列入同级财政预算。医疗救助补助资金也要纳入同级财政预算，确保资金落实到位。
三、加强农村卫生经费管理
乡(镇)卫生院的人员、业务、经费等上划县级卫生行政部门管理，要认真做好乡(镇)卫生院经费指标划转等有关工作。
乡(镇)卫生院经费指标上划基数，原则上由各地按当年县级财政下划乡(镇)财政的经费基数，参考经济增长及近几年乡(镇)政府经费安排情况合理确定。其中：人员经费按照"老人老办法，新人新办法"的原则划转，原县级下划到乡(镇)管理的人员(含现已离退休的人员，不含已脱离卫生院的人员)所需经费全部上划，下划后新增加的人员按经县级卫生行政部门考核合格后留岗的人员所需经费上划。
乡(镇)卫生院的资产，要在乡(镇)财政和卫生院认真清查的基础上，由县级财政部门和卫生行政部门统一组织清产核资验收后，交由县级卫生行政部门统一管理，县级财政(国有资产管理)部门要按有关规定加强监督管理，防止乡(镇)卫生院资产流失。
乡(镇)卫生院经费指标上划后，县级人民政府负责对全县(市)农村卫生事业发展进行统一规划，县级财政部门统一核定农村卫生经费预算。乡(镇)人民政府要继续对农村卫生工作给予支持，并按规定在用地、用工和资金等方面给予必要的投入。
