市卫生局设立突发公共卫生事件应急指挥中心，负责对突发公共卫生事件专家库专业委员会提出的建议进行分析、判断，决定启动B级和C级预警机制，经市政府批准启动A级预警机制。中心日常工作由市卫生局疾病控制处和医政处具体负责。
突发公共卫生事件应急预案启动后，即成立相应指挥机构，有关部门及人员必须按照应急预案规定的职责分工进入应急状态。
(三)指挥机构职责
1.贯彻落实党中央、国务院和省、市关于突发公共卫生事件预防和应急处置工作的决策和部署，统一领导、指挥和协调全市突发公共卫生事件预防和应急处置工作。
2.核实各项工作预案，分析、研究、判定突发公共卫生事件的危害程度，提出紧急应对措施。组织、协调成员部门(单位)，配合各县(市)区开展突发公共卫生事件预防和控制工作。
3.对各县(市)区和有关部门突发公共卫生事件预防和应急处置工作进行指导、检查和督促。
二、相关部门职责
(一)市卫生局：负责制定预防和控制突发公共卫生事件的各项技术方案；负责确定监测点及监测网络，及时掌握事件动态；负责组建由卫生管理、流行病学、临床医学、检验检测等专业的专家组成的专家咨询组；组建、培训由流行病学、临床医学、实验室检验、卫生监督、环境消毒等专业技术人员组成的应急机动队伍和医疗急救队伍，落实对受害者的救治措施，做好传染病病人的流行病学调查、密切接触者的医学观察及实验室检测工作；对事件现场进行卫生处置，提出突发公共卫生事件的控制措施以及监督措施的落实；开展健康教育，保护易感人群，防止疫情扩散；协调市政府各相关部门、县(市)区政府协同开展应急处置，确保在市政府的统一指挥下，卫生防病和医学救护工作高效、有序进行。必要时，提请市政府对疫区采取疫情紧急控制措施。
(二)市公安局：协助卫生及有关部门及时封锁可疑区域，负责做好疫点、疫区现场的治安管理工作；搞好交通疏导，保障疫情处理车辆、人员迅速抵达疫区；对病人隔离治疗、密切接触者医学观察不予配合的，协助采取强制隔离治疗措施。
(三)市财政局：确保全市应对突发公共卫生事件工作所需资金，落实各项应急物资专款，拨付应由政府承担的突发事件病人的应急诊疗费用。
(四)市委宣传部：授权准确、及时发布突发公共卫生事件信息和本市突发公共卫生事件预防控制的措施，把握宣传报到口径，确保正确舆论导向，保证社会透明度。负责做好群众防病知识宣传，提高市民自我防范能力。
(五)市纪委、监察局：负责对在突发公共卫生事件工作中不履行职责、失职、渎职、违纪的党组织、行政机关、公务员和行政机关任命的其他人员进行查处。
(六)市外办：负责涉外机构及人员的协调、沟通工作；协助市委宣传部等部门做好对外的新闻宣传工作。
(七)市经委：负责全市突发事件应急物资的储备和供应；配合有关部门抓好市场秩序的整顿。
(八)市财贸办：负责对市属商贸部门、县(市)区财贸办(商贸局)突发公共卫生事件工作的督导落实；保证居民日常生活必需品的正常供应。
(九)市教育局：负责全市教育系统突发公共卫生事件工作，做好学校、托幼机构的健康教育工作；负责做好并落实学校内的有关突发事件的预防控制措施。
(十)市科技局：开展对防治突发公共卫生事件相关科学研究；鼓励开展对有关突发事件在监测、预警、反应处理有关技术等方面的国际交流。
(十一)市交通局：承担全市突发公共卫生事件所需医疗救护设备、救治药品、医疗器械等应急处理物资的紧急运输任务，确保应急处理物资及时运送到位。
(十二)市旅游局：负责制订全市旅游行业突发公共卫生事件工作标准和措施；坚决防止突发公共卫生事件通过旅游途径扩散；督促涉外宾馆、饭店有关工作措施落实到位。
(十三)市药品监督管理局：负责全市突发公共卫生事件所需医疗救治药品、医疗器械的质量监督，维护药品、医疗器械生产经营正常秩序，依法打击各种违法行为，确保医疗救治药品、医疗器械安全有效。
(十四)市工商局：依法开展对突发公共卫生事件所需物资市场的监管，把好市场准入关，维护正常的市场流通秩序。
(十五)市质量技术监督局：负责对除药品、医疗器械以外的其它应急物资的产品质量监督检查，保证产品质量。
(十六)市物价局：贯彻执行中央、省、市下发的有关突发公共卫生事件的各项价格干预措施和紧急干预措施，负责对突发公共卫生事件时期市场价格的监督管理和市场药品及相关商品的价格监测，严格控制物价上涨，并对市场价格政策的执行情况进行监督检查，严厉查处各种价格违法行为。
(十七)市市政公用事业局：协助市交通局做好应对突发公共卫生事件人员、物资的运送工作，保证生活饮用水水质安全。
(十八)市环卫局：负责全市垃圾、粪便的污染治理，配合爱国卫生运动，提高环境卫生水平；指导组织全市环卫系统强化环卫设施及装备的消毒预防工作。
