第六条 纳税人取得所有需要计算抵扣增值税进项税额的货物运输发票，应根据相关运输发票逐票填写国家税务总局规定的《增值税运输发票抵扣清单》(见附件)。在进行增值税纳税申报时，除按现行规定申报报表资料外，增加报送《增值税运输发票抵扣清单》。纳税人除报送清单纸质资料外，还需同时报送《增值税运输发票抵扣清单》的电子信息。纳税人采集货物运输发票电子信息必须使用国家税务总局提供的货物运输发票信息录入软件。
纳税人在纳税申报时，未单独报送《增值税运输发票抵扣清单》纸质资料及电子信息的，其运输发票进项税额不得抵扣。纳税人未按规定要求填写《增值税运输发票抵扣清单》或者填写内容不全的，该张运输发票不得计算抵扣进项税额。
第七条 纳税人采集货物运输发票电子信息可选择以下二种方式之一：
一、纳税人自行采集。增值税一般纳税人取得所有需计算抵扣增值税进项税额的货物运输发票，应根据相关运输发票逐票填写《增值税运输发票抵扣清单》，同时使用“货物运输发票信息采集软件(一般纳税人版)”将清单信息逐条采集到系统中并生成清单的电子信息，在进行增值税纳税申报时随同相关报表一并报送。
二、委托中介机构代理采集。增值税一般纳税人取得所有需计算抵扣增值税进项税额的运输发票，受托中介机构应根据相关运输发票逐票填写《增值税运输发票抵扣清单》。同时使用“货物运输发票信息采集软件(国税中介版)”将清单信息逐条采集到系统中并生成清单的电子信息。增值税一般纳税人在进行增值税纳税申报时随同相关报表一并报送。
第八条 主管国税机关在纳税申报期内负责接收增值税一般纳税人报送的《增值税运输发票抵扣清单》的电子信息，并对相关内容进行审核。主管国税机关在纳税申报期内受理申报时，应对《增值税纳税申报表附列资料(表二)》中第8栏“7%扣除率”的“金额、税额”项数据与《增值税运输发票抵扣清单》中“合计”栏“允许计算抵扣的运费金额、计算抵扣的进项税额”项数据进行核对，如不一致，退纳税人重新申报。
第九条 对货物运输发票汇总清单和抵扣汇总清单信息，暂采用由县(市)国税局、地税局同级传输模式。
由地方税务局采集的货物运输发票清单信息的传输路径为：主管地方税务局－同级国家税务局－省级国家税务局(清分比对后)－总局；由国家税务局采集的增值税运输发票抵扣清单信息的传输路径为：主管国家税务局－省级国家税务局(清分比对后)－总局。
