企业使用IC卡厂商提供的前端软件采集货物运输发票明细信息写入IC卡，企业申报时必须携带纸质申报表、IC卡和纸质《增值税运输发票抵扣清单》。征收大厅人员在受理申报时应将纸质《增值税运输发票抵扣清单》中“允许抵扣的运费金额”、“计算抵扣的进项税额”的合计数与纸质申报表附列资料(表二)中第8栏“7%扣除率”的“金额”、“税额”数据进行核对。核对相符，受理IC卡申报，申报成功后，申报数据送入CTAIS系统，增值税运输发票抵扣清单电子文件(XML格式文件)自动传输到所级或局FTP服务器\YSFPBD\目录下。
若核对不符，必须提请纳税人将数据修改正确重新写卡后再进行申报，核对不符不能受理申报。若IC卡申报户修改数据后因特殊原因当期确实无法通过IC卡进行申报的，则转为手工受理申报。转为手工受理申报时，要提请纳税人按手工受理申报的方式准备相应的申报数据。因此，使用IC卡申报的企业也应安装总局下发的货物运输发票采集软件(一般纳税人版)软件以留备用。
(三)网上申报：
企业使用网上申报厂商提供的前端软件采集货物运输发票明细信息，申报时税务局端接收软件自动核对相关数据，相符后申报数据送入CTAIS系统，增值税运输发票抵扣清单电子文件(XML格式文件)自动传输到市局票表比对服务器中各局的\YSFPBD\目录下，征期过后次日将数据下传到各局FTP服务器的\YSFPBD\目录下。
若核对不符，则提请纳税人将数据修改正确后重新申报，核对不符不能受理申报。若网上申报户修改数据后因特殊原因当期确实无法通过网上进行申报的，则转为手工受理申报。转为手工受理申报时，要提请纳税人按手工受理申报的方式准备相应的申报数据。因此，网上申报的企业也应安装总局下发的货物运输发票采集软件(一般纳税人版)软件以留备用。
二、汇总软件的使用说明
数据汇总工作暂由各局信息中心负责，只需安装总局下发的货物运输发票信息汇总软件(国税机关A版)即可，使用时请参考总局汇总系统用户手册。该软件的功能是：可以批量导入企业申报的增值税运输发票抵扣清单电子文件(XML格式文件)，并可汇总导出上报文件(上报文件亦为XML格式)。
需说明的是在进入汇总系统后首先要在控制菜单下设置初次申报的所属期与税务机关，所属期应设置为申报期的前一个月，例如：申报期为2004年1月，那么所属期应为2003年12月；税务机关需要设置代码和名称，代码长度统一要求为7位，第1位是国、地税标志，“1”代表国税，“2”代表地税，后6位为局代码，例如：东城国税代码为：“1110101”、西城为：“1110102”等。
