五、主管地方税务机关代开货运发票时，应加盖代开票区县(市)地方税务局专用章，专用章要有代开票区县(市)地方税务局名称和代码(详见渝地税发[2003]261号)。
在开具货运发票时，一定要按国务院《
发票管理办法》的规定和国家税务局关于货运发票抵扣增值税的有关要求填开，必须如实、全面填写以下项目：开具给增值税一般纳税人的名称、识别码、开具时间、承运单位全称、承运单位识别码、承运车号(船号)、运费金额等。
六、对从事装卸、搬运业务的纳税人，不得开具带有抵扣联次的货运发票。
七、运输单位向增值税一般纳税人(以下简称“一般纳税人”)开具运输发票后，发生退票的，应按以下办法办理：
(一)一般纳税人在未付款并且未作帐务处理的情况下，须将发票原件退还运输单位。运输单位收到后，将该发票注明“作废”字样，作为扣减当期运输收入的凭证，并重新开具运输发票送交一般纳税人。
(二)一般纳税人已付款，或款未付但已作帐务处理，运费发票的发票联无法退回的，一般纳税人必须取得当地主管税务机关(国税)开具的《进货退出或索取折让证明单》(以下简称证明单)送交运输单位。运输单位收到证明单后开具红字运输发票，作为扣减当期运输收入凭证，同时将红字运输发票送交一般纳税人。一般纳税人收到红字发票后，作为扣减进项税款的凭证。
(三)运输单位在重新开具发票时，应同时进行新开具金额及税款与原开具金额及税款的清算，实行多退少补。
八、各区县(市)地方税务局、自开票纳税人填写货物运输业发票清单应包括其开具的所有货物运输业发票，而不仅仅只是开具给增值税一般纳税人的货物运输业发票部分。
九、增值税一般纳税人取得税务机关认定为自开票纳税人的联运单位或物流单位开具的货物运输业发票，准予计算抵扣进项税额。
十、准予抵扣的货物运费金额是指自开票纳税人开具的和代开票单位为代开票纳税人开具的货票上注明的运费、建设基金和现行规定允许抵扣的其他货物运输费用。装卸费、保险费和其他杂费不予抵扣。在货运发票上应当分别注明运费和杂费，对未分别注明，而合并注明为运杂费的不予抵扣。
十一、各区县(市)地方税务局应在2003年12月29日前，全部结束货物运输业纳税人的认定工作，未按照规定及时完成的，应书面说明原因。
