(二)各分局对于手工申报报送的软盘一定要采取措施进行杀毒处理，防止病毒对税务系统的侵袭。
(三)各分局应有一台用于存储三种清单电子文件的FTP服务器(建议与《增值税运输发票抵扣清单》电子数据的存放安排在同一台服务器上)，在FTP服务器上建立可写的\HGWSPZBD\目录和\FJWZBED\目录，并自行设定与其相对应的用户名和密码。各分局必须保证FTP服务器在上班时间开机，并保证网络畅通，服务器运行正常。
(四)若企业当期没有海关完税凭证或废旧物资发票抵扣税款的情况，不接收海关完税凭证抵扣清单和废旧物资抵扣清单的电子文件(各两个XML格式文件)。
(五)请各局信息中心于3月25日在市局内网网站(http：//68.16.16.9/index.jsp)下载中心下载新版YSCS软件，并在征期前完成对本局征收大厅所有受理手工申报征收窗口计算机的软件更新。
(六)市局FTP服务器上分征期存放各局目录，各局目录名除对外分局对应/999999/外，其他各局均以纳税人识别号前6位为目录名，每个局的目录下包含/YSFPBD/、/HGWSPZBD/、/FJWZBD/三个子目录，分别对应存放运输发票、海关完税凭证和废旧物资发票的电子信息。
(七)从4月征期起，全市手工申报和朝阳、海淀、丰台三个分局IC卡申报的货物运输发票电子文件存放维持原有方式不变，其他分局的IC卡申报和全市网上申报的货物运输发票电子文件(XML格式文件)也参照三种清单的实现方式统一传至市局，征期过后由各局信息中心负责统一取数，再存放到分局FTP服务器上/YSFPBD/目录下。取数的具体时间要求和操作方式请严格参照“一、各申报方式实现方法”中的相关说明执行。
(八)本方案从2004年4月征期开始实行。
三、各申报方式的比对操作流程
(一)手工申报方式
企业使用总局客户端软件录入三种清单的明细信息，存入软盘，并填写纸制清单和申报表—→携带软盘和纸制资料到税务局进行申报—→大厅操作人员接收纸质申报资料人工审核三种清单与附表二的数据—→相符—→进入CTAIS手工录入申报数据—→系统进行认证与报税数据的比对—→相符，申报数据写入CTAIS—→前台受理人员调用YSCS软件，将软盘上XML格式的海关完税凭证清单或废旧物资发票明细标准文件分别传输到分局服务器的\HGWSPZBD\目录和\FJWZBD\目录下。若比对不符，不能受理企业申报，同时告知企业改正错误后方可受理申报。
(二)IC卡申报方式
