建立呆帐核销机制，逐步化解财政有偿资金债务风险。对过去形成的农业综合开发土地治理项目债务，由农民负担的部分改为各级政府承担。
(三)加强项目管理。进一步整合项目，每个项目县区原则上每年安排1个土地治理项目。实行土地治理项目和产业化经营项目申报指南公开发布制度，指导县区做好项目申报工作。建立农业综合开发项目库。改进项目评审工作，实行项目立项专家评审制；全面推行项目招投标制和工程监理制；规范项目计划的调整事项，加强项目监督检查工作。
(四)加强资金管理。加强对县(区)农发办工作绩效的考核，将农业综合开发资金分配和工作绩效的考核情况紧密结合起来，向工作先进地区倾斜。加强项目资金专人、专户、专帐管理，全面推行会计电算化。严格实行规范的县(区)级报帐制。从2004年起，对不实行报帐制管理的项目县(区)，一律取消其开发资格。进一步推行项目和资金公示制，强化项目资金的审计检查，建立项目资金管理责任制和责任追究制。
四、积极探索，创新机制
(一)推进经营性开发试点。将农业综合开发资金以参股形式投入产业化经营项目，逐步形成用国有资产运营收益继续用于开发的自我积累、滚动开发机制。
(二)完善以农民为主体的机制。土地治理项目的确立，以“农民要办”为前提，充分尊重农民的意愿，把一家一户农民想办但办不了、办不好的事情办好办实。农业产业化项目的确立，以能够带动增收为前提，让更多的农民从中受益。项目建设更多地吸收农民工参与，增加农民就业机会。
(三)健全财政资金的引导机制。利用市场机制，通过贴息、补助等方式吸引民间资本、工商资本和外资等投入农业综合开发，逐步形成全方位、多渠道、多途径的农业综合开发投入格局。
(四)探索与其他支农资金配合投入机制。积极探索农业综合开发资金与扶贫开发资金、农村生态建设、农村中小型基础设施建设等支农资金相互配合、统筹安排的投资机制，提高资金使用效果。
五、加强领导，健全机构
切实加强对农业综合开发工作的领导，把农业综合开发工作纳入整个农业和农村工作统筹安排，统一部署。健全县(区)级农业综合开发办事机构，进一步充实和加强人员力量。加大培训力度，努力提高农业综合开发人员的政策水平和业务素质。各级财政、农业综合开发部门要加强与农业、林业、水利、畜牧水产等部门的配合与协作，形成工作合力，切实保证农业综合开发目标和任务的完成。
