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成员单位为各区(县)人民政府，乌鲁木齐经济技术开发区、高新技术产业开发区管委会，市农牧局、市公安局、市财政局、市计委、市卫生局、市工商局、市贸发局、市城市交通局、市市政市容局、市科技局、市监察局、市环保局、市民政局、兵团农十二师、市畜牧兽医检疫草原工作总站、市疾病控制中心等。
指挥部下设办公室，在市农牧局办公，工作人员从市畜牧兽医检疫草原工作总站抽调，指挥部成员单位派联络员参加。办公室负责重大动物疫情控制的协调和各项具体工作；收集、分析疫情及发展趋势，提出启动、停止、修改本预案的建议；协调、监督有关部门、地区落实本预案。
(二)各区(县)政府和有关部门的职责
1．各区(县)人民政府
(1)负责领导、指挥辖区内重大动物疫病的应急处理；组织疫情的封锁，病畜(禽)和同群畜(禽)的扑杀、消毒和无害化处理；
(2)做好对辖区群众的宣传教育工作；
(3)筹备扑灭疫情所需的资金，并纳入本级政府年度财政预算，做好所需物资、设备、技术与人才资源的储备。
2．畜牧兽医部门
(1)组织动物防疫监督机构开展疫情控制工作；
(2)组织动物防疫监督机构做好疫情的监测、预报、开展流行病学调查，迅速对疫情的危害程度做出全面评估；
(3)现场采集样品进行诊断，提出划定疫点、疫区、受威胁区的范围和封锁建议及措施；
(4)参与组织并监督对疫点内的病畜(禽)及同群畜(禽)进行无害化处理工作；
(5)组织对疫区、受威胁区内的易感动物进行紧急免疫接种；
(6)监督对疫点、疫区内被污染的器具、车辆、饲草料、场所或草场实施消毒或无害化处理；
(7)对疫区、受威胁区内的易感动物及其产品的生产、贮藏、运输等活动进行检疫和监督管理；
(8)建立紧急防疫物资储备库，储备疫苗、药品、诊断试剂、器械、防护用品等；
(9)评估疫情处理及病畜(禽)扑杀补偿所需资金数额，提出资金使用计划；
(10)培训防疫人员，组成疫情处理预备队；
(11)协助对疫点、疫区及周围群众做好宣传教育工作。
3．计划部门：负责重大动物疫情所急需基础设施建设的计划安排。
4．财政部门：负责安排紧急防疫储备金和紧急防疫物资储备所需资金。
5．民政部门：负责疫区受灾群众的安抚和救济工作。
6．交通部门：负责紧急运送控制扑灭疫情人员、物资、药品和器械，配合畜牧兽医、动物防疫监督检查部门对疫区进行封锁。
7．公安部门：协助做好对疫区封锁、疫点内病畜(禽)及同群畜(禽)的扑杀处理，加强疫区社会治安管理，确保社会稳定。
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