1、中药材的加工度不够，集中度不高。生产企业缺少龙头，规模偏小，品牌知名度较低。中药材种植分散在千家万户，生产方式原始，技术含量低，基本处于粗放型种植阶段。
2、中药产业规范化管理薄弱。国家先后发布了《
药品生产质量管理规范》(简称GMP)、《
药品经营质量管理规范》(简称GSP)、《中药材生产质量管理规范》(简称GAP)，因各种原因我省进展较慢，尤其是GAP。
3、中药产业的研究开发和知识产权保护不够。我省在中药的研究开发方面虽有一定的基础，但科研机构规模小，实力差，资金不足，有些领域人才缺乏，不配套，中药材知识产权问题尚未引起重视。
二、市场前景与竞争力分析
中医药是我国人民医疗卫生保健体系的重要组成部分。目前，全世界约有80%以上的人口应用植物药进行治疗，年销售额在200亿美元以上，国际市场前景看好。我国加入WTO后，因为知识产权问题对化学药品研究生产有较大的冲击，而传统中药却获得了良好的发展机遇。我省是中药资源大省，中药种植、加工、生产和科研教育有一定的基础，又有国内规模最大、辐射最广的中药材市场，中药材较低的成本、天然的品质，对国内主要药材消费市场产生了极大的吸引力，北京同仁堂等国内知名企业都在我省建立或准备建立原料药材基地，并加工生产中药产品。我省的安科生物、丰原药业也涉足中成药生产。我省一些独特的地产中药材更有得天独厚的优势，产业化发展的机遇和潜力空前。
但是，也存在一些不利因素，主要表现为：一是中药材的种植生产，市场需求变化大，承受的风险大。尤其是大别山区、皖南山区信息不灵，中药材种植盲目性大，药农承受风险的能力低。二是中药生产企业群小，市场覆盖率不高。单个中药生产企业规模不大，且部分是中、西药兼产，缺少在国内叫得响的品牌，对中药材种植拉动作用有限。三是投入严重不足，大量基础性研究工作无法正常进行。四是亳州市中药材市场规范化、集约化经营程度不高，且购销假劣药材等违法犯罪活动时有发生，影响我省中药的声誉。同时，在中药材的种植生产、购销、信息传递、物流配送等方面，作用尚待充分发挥。
三、发展思路和目标
