(一)退(免)税申报资料逻辑审核
1、出口企业申报的退(免)税申报表是否齐全；
2、出口企业申报的退(免)税申报表之间的勾稽关系是否准确；
3、出口企业申报的退(免)税申报表与其相对应的电子数据是否一致；
4、出口企业申报的退(免)税原始凭证装订是否规范。
(二)退(免)税申报数据电子审核
退税机关受理出口企业出口退(免)税申报提供的电子数据后，必须严格按照现行出口退税规定进行电子审核。具有审核的内容有：
1、外贸企业的审核：
(1)进货信息审核：除另有规定者外，退税机关既可以使用增值税专用发票稽核、协查信息审核出口退税；也可以先使用增值税专用发票认证和协查信息审核，然后在3个月内再用增值税专用发票稽核信息与失控作废增值税发票、认证不符增值税专用发票信息进行比对，比对有问题，必须逐笔进行调查，分别根据不同情况按规定处理。
(2)出口信息审核：退税机关可自行选择按001出口数据或003出口数据进行审核。如果选择用003出口数据审核，必须再与001出口数据进行比对，比对不符的，一律扣回已退税款。
2、生产企业的审核：
生产企业申报的免抵退税出口数据与001出口数据进行比对；申报的免税明细数据与003出口数据进行比对。
3、收汇核销信息的审核：
出口企业申报退税的出口明细数据，不再与出口收汇核销信息进行比对，但在年终清算时，对审核已通过的出口明细数据，必须与出口逾期未核销数据进行比对，发现在收汇核销截止期内，出口企业仍未核销的(不含提供的远期收汇证明)出口货物，经调查核实后，属于生产企业的，一律视同内销补征税款；属于外贸企业的，扣回已退的税款。
(三)退(免)税申报原始退税凭证的人工审核：
1、退(免)税申报的原始凭证是否按规定报送齐全；
2、报送的退(免)税原始退税凭证先后装订程序是否与报送的申报表一致。
三、关于办理出口货物退、调库手续的规定
(一)出口退税指标的分配和测算，按照苏财预[2004]36号文件的规定执行。
(二)出口货物退库手续的办理
对2004年1月1日之后报关出口货物退付的税款，退税机关必须在退税审核确认后的1个工作日内，且在已分配退税计划额度内，办理退库手续。当月办理的退库情况必须要在当月金库月报数据和同级计财部门上报的月报数据中反映。
(三)出口货物调库手续的办理
