亏损企业发生的技术开发费可以据实扣除，但不实行增长达到一定比例抵扣应纳所得税的办法。
第六条 本市鼓励企业资本、民间资本参与建立乌鲁木齐市民营科技企业贷款担保机构。担保机构按国家和自治区有关规定享受有关优惠和扶持政策。担保机构对负连带责任的高新技术产业项目发生的担保损失，经主管税务机关审核，允许在税前扣除。对不以赢利为目的的中小企业担保机构从事担保的收入按照有关规定办理，三年免征营业税。
第七条 本市鼓励民营科技企业技术改造。凡投资于符合国家产业政策的技术改造项目的企业，经税务机关审核批准，其项目所需国产设备投资的40%可从企业技术改造项目设备购置当年比前一年新增的企业所得税中抵免；但每一年度投资抵免的企业所得税税额，不得超过当年比设备购置前一年新增的企业所得税税额；如当年新增的企业所得税税额不足抵免时，未于抵免的投资额，可用以后年度企业比设备购置前一年新增的企业所得税税额延续抵免，但期限最长不得超过五年。
第八条 本市鼓励民营科技企业拥有自主知识产权。由财政安排知识产权专项经费，对包括民营科技企业在内的国内外发明专利申请费和维持费、软件著作权登记费、海关知识产权保护备案费等给予适当补助。
第九条 本市鼓励民营科技企业引进国外专家、出国交流、访问，开展国际科技项目洽谈，参加国际学术会议、技术展览会和博览会。
第十条 本市鼓励民营科技企业申报和实施政府间科技合作项目。鼓励民营科技企业面向国际市场，扩大高新技术产品出口。
第十一条 民营科技企业登记注册、核定经营范围时，在列明主要经营项目后，可附加“其他无需报经审批的一切合法项目”。
第十二条 民营科技企业从事技术开发、技术转让活动所取得的收入，免征营业税。民营科技企业进行技术转让，以及技术转让过程中发生的与技术转让有关的技术咨询、技术服务、技术培训的所得，年净收入在30万元以下的暂免征收企业所得税；超过30万元以上的部分，依法缴纳所得税。
第十三条 各类金融机构要改善对民营科技企业的金融服务，开发适合民营科技企业特点的融资服务项目，增加信贷品种，合理确定贷款期限，增加对民营科技企业的信贷投入。
