1.项目建议书、可行性研究报告由发展改革行政主管部门审批或转报。其中，25万千瓦以下水电站的项目建议书和可行性研究报告可合并审批。发展改革行政主管部门在审批或转报时，应取得水行政主管部门的技术审查意见。
2.项目初步设计由水行政主管部门审批。
3.项目总投资概算由发展改革行政主管部门商财政主管部门审批。
(三)企业投资的水电建设项目的核准
根据《
国务院关于投资体制改革的决定》(国发[2004]20号)和《
企业投资项目核准暂行办法》(国家发展和改革委员会第19号令)，企业投资建设水电项目，须经发展改革行政主管部门核准。项目单位须向发展改革部门报送项目申请报告及其附件。
项目申请报告应包括以下主要内容：项目申报单位基本情况；拟建项目情况；建设用地与相关规划；资源利用和能源耗用分析；生态环境影响分析；经济和社会效果分析；按规定须招标的项目，还应说明项目招标初步方案。
按照国家法律法规的规定附送以下文件：水行政主管部门出具的水资源论证报告及洪水影响评价报告的审查意见；国土资源行政主管部门出具的项目用地预审意见；环境保护行政主管部门出具的环境影响评价意见书(其中含水行政主管部门批准的水土保持方案)；以国有资产或土地使用权出资的，须有由关部门出具的确认文件；项目所在地区县(自治县、市)投资主管部门意见；根据法律法规应提交的其他文件。
(四)取水许可证办理
水电站竣工验收并取得水行政主管部门颁发的取水许可证后，方可投产使用。
四、监督管理
(一)凡已经乡镇政府和其他未经授权的部门出让的水电项目，自本意见下发之日起3个月后仍未办理项目建议书等手续的，由项目所在地政府收回水电开发权，按权限重新组织出让。
(二)经发展改革行政主管部门和水行政主管部门授权开发的水电项目，取得项目开发权的单位须在一年内向发展改革部门报送项目建议书或项目申请报告，对超过一年仍未启动的水电开发项目，由发展改革部门和水行政主管部门依法收回开发权，重新确定开发业主。
(三)本意见施行后，对越权出让或未经同级人民政府同意擅自协议出让水电开发权的单位和直接责任人，由上级行政机关或监察机关予以行政处分，涉嫌犯罪的，移送司法机关处理。
