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(四)指导思想。以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面贯彻落实科学发展观，深入实施科教兴滇、人才强省和可持续发展战略，认真落实新时期国家科技工作指导方针，坚定地把科技进步和创新作为经济社会发展的首要推动力量，把增强自主创新能力作为调整经济结构、转变增长方式、提高竞争力和劳动者科学文化素质、加快先进实用技术推广应用的中心环节，把推动自主创新摆在全省科技工作的核心位置。立足云南实际，以大力加强集成创新和在引进先进技术基础上的消化吸收创新为重点，以有选择地开展原始性创新为基础，坚持以人为本，把体制、机制创新作为突破口，实行政府引导、市场化运作、企业作为技术创新主体，不断加大科技投入、加快科技基础条件建设、营造政策环境，促进云南经济社会持续快速协调发展。
(五)加强自主创新的原则。面对新的发展形势，结合云南实际，充分发挥自主创新的支撑和引领作用，解决云南经济社会发展面临的新问题，加强自主创新必须坚持以下原则：
——坚持为经济社会发展服务的原则。自主创新必须把构建和谐社会、促进云南经济结构调整和增长方式转变、加快区域经济和特色产业发展作为出发点和落脚点，增强对经济社会发展的支撑和引领作用。
——坚持优化整合资源提高效益的原则。自主创新必须围绕我省重点产业、特色产业、优势学科，优化整合科技资源，集中优势、重点突破，有所为、有所不为，提高科技创新投入的产出效益。
——坚持以提升竞争力为核心的原则。加强自主创新要立足于云南长远发展战略，着力于科研院所、高等学校自主创新能力的提升，着力于企业、产业自主创新能力和区域竞争力的提升，增强经济社会发展的后劲。
——坚持体制机制创新的原则。进一步深化科技体制改革，充分发挥市场机制在配置科技资源中的基础性作用，推进企业成为技术创新的主体，政府通过政策引导，激励全社会加强自主创新、提高自主创新能力。
——坚持大力推进先进实用技术的推广应用、努力提高劳动者科学文化素质的原则。在加快高新技术产业发展的同时，要结合云南实际，充分发挥高新技术对传统产业的改造和提升作用，大力推广应用先进实用技术，普及科学技术知识，提高劳动者科学文化素质。
(六)主要目标。到2010年，自主创新总体水平达到全国中等水平，进入西部先进行列。自主创新环境和基础条件明显改善，创新人才队伍不断壮大，全社会科技投入大幅增加，基本建立符合社会主义市场经济要求和科技发展规律、具有云南特色和优势的区域创新体系。在重点产业掌握一批核心技术，拥有一批自主知识产权，造就一批科技水平高、在国内外具有竞争力的企业和品牌，自主创新在全省经济社会发展中的支撑和引领作用明显增强。
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