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市农委：负责研究提出农业产业发展的政策建议。
市委宣传部：负责协调组织高致病性禽流感新闻宣传工作，普及相关科学防治知识。
市政府督查室：负责对各区县和相关部门防控高致病性禽流感工作进行督查。
市政府法制办：负责组织制定高致病性禽流感防控政策、法规和应急时的强制性措施。
市信息办：负责防控高致病性禽流感信息网络建设，做好网络维护并保证网络安全畅通。
市编办：负责重大动物疫病防治机构人员编制的落实。
市政府外办：负责本市高致病性禽流感防控情况涉外事宜的审查和协调工作，处理与外国驻华使馆、境外驻京新闻机构及在京境外人员和港澳驻京办及人员的相关事宜。
市卫生局：负责做好高危人群的预防和医学观察、人间疫情 监测工作，加强与动物防疫部门联系和信息沟通。
市发展改革委：负责做好防控疫情相关基础设施建设的计划和安排。
市财政局：负责保障免疫、监测、消毒、扑杀、无害化处理等疫情应急处置所需经费，并加强对经费使用的监管。
北京出入境检验检疫局：加强对进出境动物及动物产品和其他检疫物的检疫工作，防止疫情传入传出。
市公安局：负责协助有关部门做好疫区封锁和强制扑杀工作，做好疫区安全保卫和社会治安管理。
市工商局：负责关闭疫区内禽类及其产品交易市场，打击市场内违法经营禽类及其产品的行为。
市城管执法局：负责依法对集贸市场外的非法经营禽类及其产品的行为进行打击。
市交通委：配合做好疫病防治工作，负责优先安排紧急防疫物资的调运。
市科委：负责加强对疫情预警预报、防治技术的研究。
市商务局：负责加强市场监测和对储备禽类产品的管理，组织市场调控，维护市场稳定。
市市政管委：负责协调有关单位做好餐厨垃圾的收集和无害化处理工作。
市林业局：负责打击非法猎捕、经营野生鸟类的行为，严密监视野生鸟类健康状况，发现异常时立即通报当地动物防疫监督机构，并协助畜牧兽医部门做好有关疫病监测工作。
市水务局：负责做好水源保护地及周边地区水生野生禽类的观测，发现异常时立即通报当地动物防疫监督机构，并协助畜牧兽医部门做好有关疫病监测工作。
市园林局：负责协调各公园在区县动物检疫部门和卫生防疫部门的指导下做好饲养禽鸟的免疫工作，密切监视其健康情况，发现异常时立即通报当地动物防疫监督机构，并配合畜牧兽医部门做好有关疫情监测工作。
市质量技术监督局：负责加强对禽类产品生产加工企业的监管。
北京卫戍区后勤部：负责做好所属部队疫病防控工作，积极配合驻地的疫病防控工作，及时通报疫情信息。
市地税局：负责对受灾的养禽场（户）在税收上进行调控，促进其尽快恢复生产。
市民政局：负责对因灾导致生活困难的养禽场人员及养禽户实施生活救助，妥善安排好受灾群众的基本生活。
市旅游局：负责配合市农业局开展对宾馆、饭店的防疫监督和管理工作。
北京铁路局：保证高致病性禽流感应急处理人员以及防治药品、器械等应急物资和有关样本的运送，确保安全、快速；配合动物防疫监督机构做好铁路运输禽类及其产品的检疫监督工作。
民航华北地区管理局：组织协调相关单位，做好高致病性禽流感疫情应急处理人员以及防治药品、器械等应急物资和有关样本的航空运输保障工作；督促相关单位配合动物防疫监督机构做好航空运输禽类及其产品的检疫监督工作，配合检验检疫部门做好进出境禽类及其产品的检验检疫工作。
北京二商集团有限责任公司：负责做好国家及市级商品的储备工作，保证储备商品质量。
北京市大发畜产公司：负责本企业的动物防疫工作。
北京华都集团有限责任公司：负责本企业的动物防疫工作。
北京三元集团有限责任公司：负责本企业的动物防疫工作。
2.2 日常管理机构
市防治重大动物疫病指挥部（市重大动物疫病应急指挥部）下设办公室，作为日常办事机构。办公室设在市农业局。市防治重大动物疫病指挥部（市重大动物疫病应急指挥部）办公室备有指挥场所和相应的设施设备，作为发生重大动物疫情时的指挥平台，并与市应急委指挥平台互联。
市防治重大动物疫病指挥部（市重大动物疫病应急指挥部）办公室防控高致病性禽流感工作职能如下：
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