主导生态功能是：防风固沙、护岸阻浪和维护近岸生物多样性。区内可划分为五类生态功能区：自然保护区与渔业资源保护区、基干林保护带、临港工业与城镇发展区、农林渔业发展区、特殊功能区（如排污区、军事区）。
存在的主要问题是：炸礁挖礁等行为使一些岸段受到不同程度破坏，乱砍滥伐造成红树林面积减少，导致珊瑚礁和红树林的护岸阻浪功能下降，部分生物栖息环境受到破坏；毁林养殖和毁林采矿使沿海基干林带破坏断带，防风固沙能力下降；部分近岸海域受到未经处理的养殖废水、城镇生活污水和船舶废水的污染，海水水质下降；局部海岸地区出现盐碱化和荒漠化。
保护和发展的方向是：建立珊瑚礁、红树林自然保护区和渔业资源保护区，合理利用渔业资源，严禁炸鱼炸礁和乱砍滥伐红树林、海防林；实施“碧海行动”计划，加强滨海城镇环境基础设施建设和滨海工业污染防治；按照“南北带动、两翼推进”的要求，大力发展港口航运业，利用生态环境优势，重点发展清洁型的优势产业，在西部工业开发区大力发展集约型、科技含量高、经济效益好的资源加工业。
（三）沿海台地生态圈。
沿海台地生态圈处在海岸生态圈与中部山地生态区之间，面积约17000平方公里，约占海南岛面积的50%。该区域以沿海平原、台地地貌为主，有少量低丘陵地貌，主要有文昌海积平原区、南渡江中下游河谷平原区、云龙——蓬莱——大路台地区、永兴——临高台地区、王五——加来海积阶地平原区、琼海——万宁沿海残丘区、儋州——昌江丘陵台地区、陵水——榆林沿海平原区等，海拔200米以下以耕地和热作园为主，海拔200米至300米范围内以森林为主。该区域人口密度较高、人类活动较为频繁，是我省产业发展的主要区域。
主导生态功能是：农业等社会生产功能、防洪蓄水等水文调节功能。该区域划分为五个生态亚区：琼北南渡江中下游平原季雨林区、琼东平原台地季雨林区、琼东南台地热带雨林区、琼西南半干旱稀树草原区、琼西北台地季雨林区。
存在的主要问题是：制糖、橡胶加工等传统工业对周围环境造成一定影响；大部分城镇生活废水未经处理直接排入河流，影响城镇河段水质；农业面源污染成为影响地表水质的主要原因；土地沙化有加重趋势；湖泊、河道、湿地被占用导致排涝泄洪功能下降；部分地区水土流失严重，土地地力有所下降。
保护和发展的方向是：保护天然林，大力植树造林；合理利用土地，治理水土流失和防治荒漠化；加快城镇基础设施建设，有效治理城镇生活污染；加强传统工业的生态化改造，大力发展新型工业，有效控制工业污染；推行农业标准化、产业化和生态化，削减农业面源污染；合理进行区域分工，大力发展种植业、林业、服务业和其它清洁型的优势产业；推进城镇建设，加快城镇化、工业化进程。
（四）中部山地生态区。
中部山地生态区主要包括中部地区海拔300米以上的山地和部分丘陵，面积约为10000平方公里，约占海南岛面积的30%，由五指山市、琼中县全部，白沙、保亭、乐东、昌江的大部分地区以及三亚、陵水、东方等市县的部分地区组成，是我省少数民族聚居地和主要贫困人口集中地区，也是我省实现小康社会的难点和重点地区。该区域以森林为主，是南渡江、万泉河、昌化江等主要河流的发源地和主要水源涵养地，是我省的生态敏感区和生物多样性富集区，属国家生物多样性保护的重点地区之一。
主导生态功能是：涵养水源和维护生物多样性。区域开发利用必须确保这一主导功能不被削弱。该区域可划分为生物多样性保护与重要水源涵养区、合理开发利用区。生物多样性保护与重要水源涵养区主要包括规划的尖峰岭——霸王岭、鹦哥岭——黎母山、五指山——吊罗山保护区群，重点要保护热带天然林区，对坡度大于25度的坡地进行封育。开发利用区包括白沙盆地、营根盆地、乐东盆地、保亭盆地和通什盆地内的城镇区和人工生态系统分布区。
存在的主要问题是：过度采伐和毁林开垦使原始森林遭受破坏，森林质量降低，水源涵养、水土保持、调节气候和净化环境等生态服务功能下降，物种减少，有的甚至濒临灭绝，局部地区水土流失和土壤退化的趋势没有得到有效遏制，主要城镇工业和生活污染影响水源安全。
保护和发展的方向是：加强自然保护区建设，对热带天然林进行封山管护，对已开垦的生态敏感区域实施退耕还林；加强基础设施建设，加强对工业和生活污染的治理，保障河流源头的水量和水质；调整产业结构，发挥生态优势，发展山区绿色农业、生态林业和森林生态旅游业等特色产业，根据资源条件，发展林、竹、藤制品和具有地方特色农产品深加工业；加快城镇化步伐，加强人力资源建设和环境保护能力建设，积极推动生态脆弱地区农村剩余劳动力的转移，实行生态移民和生态扶贫。
四、生态环境保护与建设
根据不同生态圈（区）的生态环境与资源特点和保障生态安全的需要，分区推进生态保护工作。按照各区的主导功能，明确生态环境保护与恢复治理的重点，科学确定不同区域的环境容量和合理分配污染物排放总量控制指标，确保环境污染得到严格控制，生态环境得到恢复。重点保护中部热带天然林和沿海防护林两个生态保障体系，实施天然林保护、重点生态区域绿化、“三边”防护林建设、自然保护区建设与生物多样性保护等四项生态保护与建设工程，提高生态服务功能。重点是防治工业污染、控制生活污染、削减农业污染和处置医疗与危险废物，提高空气、水体环境质量，尤其要解决城镇污水和垃圾处理等环境基础设施建设严重滞后的突出问题，保护好饮用水源地，确保水源安全，保持一流的生活环境质量。
（一）生态保护与建设。
1.自然保护区与生态功能保护区建设。加强全省自然保护区体系建设。按照《海南省自然保护区发展规划》，通过清理整顿和新建扩建，高标准建设热带森林、红树林、珊瑚礁等自然保护区，形成由60个规范完善的陆地和海洋自然保护区组成的全省自然保护区体系，使我省陆地自然保护区面积占陆地总面积的比例不低于9%。以山系为框架，有计划地新建或扩大一批自然保护区，重点建设尖峰岭、五指山、吊罗山、霸王岭、鹦哥岭、大田坡鹿等自然保护区，合理规划建设一批生态廊道，将海南主要的自然保护区连片成网。开展自然保护区整顿，明确划定保护区边界和内部分区，实行规范管理，对现有的没有保护价值、不具备保护条件的小型自然保护区，按照法律程序予以取消或改为风景名胜区。加强对西沙群岛等珊瑚礁核心区的保护管理，以三亚珊瑚礁国家级自然保护区为基地，研究珊瑚礁恢复技术，促进珊瑚礁的恢复。
加强中部国家级生态功能保护区建设。根据中部生态功能保护区不同类型区的生态功能，制定分区保护措施，进行分类管理。对重点地区，通过建立自然保护区和封山育林，严格保护；对一般地区，加强生态建设和产业引导，合理利用自然资源，减轻对生态环境的压力，逐步提高生态服务功能，改善生态环境。
2.物种和种质资源保护。加强物种和种质资源保护。建设一批珍稀濒危物种和种质资源迁地保存与繁衍基地。加大渔政管理力度，严格控制掠夺式捕捞和养殖方式，加强对幼鱼、幼虾和海龟、玳瑁等珍稀海洋动物重点繁殖地的保护，实行伏季休渔，加强禁渔期管理。加大野生动植物保护执法力度，严禁非法猎杀、出售、食用野生动物及乱采滥挖野生保护植物。开展生物多样性系统调查和研究，建立生物多样性信息和监测网络，重点建设尖峰岭、吊罗山和鹦哥岭3个生态监测站。
防治外来物种入侵。开展外来入侵物种调查，加强转基因生物安全风险评估和生态安全研究，制定生物安全管理与生物多样性保护地方性法规和政府规章。对从省外地区引入外来物种实行严格的生态环境安全风险评估、入境检疫审批和监测监管，加强对转基因生物的环境释放的监督管理，防止外来生物入侵对我省生态系统和本地物种产生不良影响。对引进外来物种、大面积单一品种造林及推广林下产业等进行跟踪监测，加强管理和监督，及时发展和研究解决有关苗头性和倾向性问题；对已造成生态危害的外来入侵物种采取相应治理措施，保证生态安全。
3.生态公益林保护。生态公益林保护的重点是中部热带天然林和沿海基干林带（含红树林）。按照森林资源分类经营管理的要求，明确划定生态公益林范围。对现有林相较好的热带天然林进行封山护林，对现有天然残次林、灌木林进行封山育林。到2010年，封山育林面积保持23万公顷，逐步提高天然林的郁闭度和林分质量，建成以热带雨林为主体的热带天然林体系，全省天然林覆盖率稳定在19%。将沿海基干保护林带划入生态公益林加以严格保护，禁止各类开发活动破坏基干林带，对基干林带内养殖塘（池）及其他垦植项目实施退塘还林，加快基干林恢复。
