4、物流园区实行计算机联网管理和海关监管制度，区内企业应建立符合海关监管要求的电子计算机管理数据库。海关对企业实行电子帐册管理。
5、物流园区与境外之间进出的货物，除实行出口被动配额管理外，不实行进出口配额、许可证管理，由货主或其他代理人向主管海关备案。
6、海关对物流园区与境外之间进出货物的监管，从毗邻物流园区的港区进出的，直接通过海关设立在连接物流园区和港区之间的自动卡口进出办理海关手续；从非毗邻园区的港区进出的，运抵物流园区办理海关手续。跨关区货物，按照转关运输的有关规定办理。
7、除了法律、行政法规、规章规定不得实行集中报关的货物外，园区企业需要少批量、多批次进出货的，经园区海关批准可以办理“分批进、出区、集中报关、凭保放行”手续。集中报关的期限不得超过1个月，且不得跨年度办理集中报关手续。
8、从区外运入物流园区的货物视同出口，予以办理出口报关手续。如属许可证管理的商品，应向海关出具有效的出口许可证。
9、对从区外进入物流园区供区内企业使用的国产设备、包装物料、建造基础设施以及行政管理部门办公用房所需合理数量的基建物资等，海关按照对出口货物的有关规定办理通关手续，并签发报关单出口退税联。
10、物流园区内可进行分级、挑选、刷贴标志、改换包装形式等简单加工。
11、物流园区与其他海关特殊监管区域、场所（指保税区、出口加工区、B型物流园区、保税仓库等）之间货物的往来，由收发企业联名向转出地主管海关提出申请，经海关核准后，按照海关转关运输的有关规定办理。物流园区与同一海关其他特殊监管区域、场所之间货物的往来，按照转关运输的有关规定办理海关手续。经海关审核同意，可按“分批送货、集中报关”的程序操作。
二、检验检疫
12、进出物流园区的货物及其包装物、交通工具和集装箱等，由区内检验检疫机构统一办理检验检疫手续，实施监督管理。
