（一）审核就诊的参合人员是否人、证、历相符；
（二）审核新型农村合作医疗有关处方用药、检查化验、住院诊治等医疗行为是否符合规定；
（三）审核家庭账户或个人门诊资金以及住院补偿资金支付情况；
（四）发放有关新型农村合作医疗的各种审批表。
第十六条 对定点医疗机构的新型农村合作医疗减免补偿资金实行“三级结算审核制”。定点医疗机构负责对在本机构就诊参合农民的减免补偿资金进行初审，并进行现场减免。乡镇合管办负责对乡级和村级定点医疗机构上报的减免补偿和结算资料进行复审，并报县合管办核准；县合管办负责对县级定点医疗机构上报的补偿和结算资料进行复审，并核准乡镇合管办上报的复审资料。县财政局负责对县合管办上报的结算资料进行终审。经审核合格的，及时通知合作医疗基金代理银行按时足额向定点医疗机构拨付结算资金。资金拨付后，合作医疗基金代理银行要及时出具有关凭据，并送县合管办存档。
第十七条 县、乡合管办要严格执行新型农村合作医疗基金管理办法和会计制度，加强对定点医疗机构中参合人员医疗费用的检查和审核，对不符合规定的医疗费用，县、乡合管办不予支付。要严格核查每笔资金的真实性，杜绝错报、虚报和套骗基金等行为。
第十八条 县级合管办要采取随机抽查的方式对县级和乡级定点医疗机构出院病人的病历和补偿情况进行入户核实，每月抽查的机构数不少于机构总数的20%，每个机构抽查的出院病人资料不少于上月出院病人总数的5%。乡镇合管办也要采取随机抽查的方式对村级和乡级门诊病人的处方和减免情况进行入户核实，每月抽查的村级和乡级定点医疗机构数不少于机构总数的20%，每个机构抽查的门诊病人资料不少于上月门诊病人总数的1%。
第十九条 定点医疗机构对参合人员的医疗费用要单独建账，并有义务提供审核费用所需的诊治资料及账目清单。
第二十条 定点医疗机构要如实为参合者提供处方、病历、统一收费凭据、医药费用清单、出院记录和转诊审批表等相关证明材料。严禁开具假证明、假处方、假病历、假票据套骗合作医疗基金的行为。
第二十一条 定点医疗机构要积极主动地配合县（市）、乡（镇）合管办搞好各项管理工作。要认真做好农民参合缴费、滚动式预缴费筹资等工作。要按要求及时做好会计报表编制和相关资料的整理、归档和保管工作，如实上报新型农村合作医疗信息资料。
