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县级人民政府对本行政区域内高致病性禽流感应急控制工作负总责，县级人民政府主要负责人是高致病性禽流感应急控制工作的第一责任人。
县级人民政府负责制定本行政区域的高致病性禽流感应急预案，落实疫情防治和应急控制工作所需的经费，组建疫情应急处理预备队，做好应急物资储备工作，在本行政区域内发生疫情时依法发布封锁令。
乡镇人民政府对本行政区域内高致病性禽流感应急控制工作负责，乡镇人民政府主要负责人是应急控制工作的第一责任人，即指挥部指挥长，辖区内各村民委员会主任为指挥部成员，是村应急控制工作第一责任人。
（四）有关部门和单位的分工
1.发展与改革部门
负责指导畜牧兽医部门制定高致病性禽流感防治、疫情应急控制基础设施建设和物资储备资金的计划，争取上级项目和资金。
2.财政部门
负责免疫、扑杀、监测、消毒、无害化处理等疫情应急防控工作、物资储备和禽类扑杀补偿所需经费的落实，将应急物资储备及更新物资储备资金纳入财政预算，并加强对资金使用情况的监督管理。
3.公安部门
负责封锁疫区，协助同级人民政府及畜牧兽医行政管理部门实施强制扑杀工作，做好疫区的社会治安保卫工作；配合畜牧兽医行政管理部门对通过公路动物防疫监督检查站运输动物、动物产品的车辆进行拦截、检查。
4.卫生部门
启动市、县、乡（镇、街道）、村（居委会）四级突发事件监测网络和预警报告体系，参与高致病性禽流感疫情报告；负责人间高致病性禽流感的监测、预防、治疗和卫生科普知识宣传工作。
5.商务部门
配合畜牧兽医行政管理部门做好禽类屠宰厂的防疫工作，加强商场、超市、餐馆等畜禽产品销售场所的监督管理，适时组织市场调控，维护市场稳定。
6.交通部门
负责优先运送疫情应急控制工作人员及有关的物资、药品和器械，保障与高致病性禽流感疫情应急处理活动有关的车辆通行畅通，配合畜牧兽医行政管理部门做好公路动物防疫监督检查站的设立和管理工作。
7.科技部门
负责组织实施高致病性禽流感防治和应急控制的科学技术研究与推广工作。
8.林业部门
组织开展野生鸟类的调查和观测，组织专家分析和提出有关野生鸟类活动范围和趋势等预警信息；协助畜牧兽医行政管理部门对野生鸟类进行疫病监测及相关防治工作；发生疫情期间，快速组织隔离控制措施。
9.工商行政管理部门
负责关闭疫区内禽类及其产品交易市场，依法查处违法经营禽类及其产品、非法加工、销售病死禽类及其产品的行为。
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