企业性质的水利工程管理单位，其所管理的水利工程的运行、管理和日常维修养护等资金由水利工程管理单位自行筹集，对其中公益性部分资产的维修养护、更新改造资金，财政可适当补助。
为保障水利工程管理体制改革的顺利实施和工程安全运行，各级政府要确保对水利工程管理的投入，适当调整水利支出结构，积极筹集水利工程维修养护岁修资金。各级水利工程维修养护岁修资金来源为：水利建设基金的30％、河道工程修建维护费的30％，不足部分由各级财政视财力情况给予补助。
准公益性水利工程管理单位必须按财政部颁发的《水利工程管理单位财务会计制度》规定提取工程折旧。要加强对防汛抗旱经费、工程维修养护经费、更新改造经费及准公益性水利工程管理单位提取的工程折旧资金的管理，做到专款专用，严禁挪作他用。经营性水利工程管理单位要按照
水利工程管理单位财务制度规定提取工程折旧，专款专用，保证工程的更新改造。有关部门要加强对水利工程管理单位的各项经费和资金使用情况的审计和监督检查。
(五)积极推行管养分离改革
水利工程管理单位要逐步实行工程管理与维修养护分离，通过精简内部管理机构，提高养护水平，降低运行成本。管养分离改革可分两个阶段进行：第一阶段，在水利工程管理单位内部将工程维修养护业务分离出来，组建专业化养护企业，主要承担原单位工程及设备的维修养护。维修养护人员的工资费用要纳入维修养护工作成本，实行合同管理。第二阶段，将工程维修养护业务从水利工程管理单位中彻底剥离出来，水利工程管理单位通过招标方式择优确定维修养护企业，使水利工程维修养护走上社会化、市场化和专业化的轨道。为确保水利工程管养分离的顺利实施，各级财政要保证水利工程维修养护资金足额拨付；各级政府和水行政主管部门以及有关部门应当努力创造条件，培育维修养护市场主体，规范维修养护市场环境。
(六)建立健全水价形成机制，加强计收管理
水利工程供水、排水价格要按照补偿成本、合理盈利、公平负担的原则核定，实行优质优价。对非农业供水和农业供水水价要区别对待，分类定价。非农业供水价格按补偿供水成本、合理盈利、依法计税的原则核定；农业供水价格应在完善水费计收机制，取消不合理加价和收费的基础上，逐步达到保本水平。供水价格应根据水资源状况、供水成本变化、用水单位和居民的承受能力以及经济社会发展状况适时调整。排水价格按有关规定执行。
要建立健全供水、排水管理机构，理顺供水、排水体制，明确收费主体。制定水费收缴制度，实行财务独立核算。
