我区地方病防治工作存在的主要问题是受地方病威胁人口多，防治任务重。地方性氟、砷病区防治主要采取以改水为主的综合性防治措施，而病区改水力度不大，根据2004年全区地方性氟中毒、砷中毒水质抽样调查结果显示，发现仍有251.7846万人饮用氟、砷含量超过国家农村饮用水卫生标准的水源。未改水地区多分布在贫困、边远地区，这些地区自然条件差，交通不便，当地财政十分困难，群众筹资能力有限，加之改水工程许多设备已老化，有的超期服役，使相当一部分人口又重新饮用高氟、高砷水，这些地区都亟待进行改水。
有些地方病病区的领导对地方病防治工作认识不高，协调不好，地方病防治经费不足，专项经费十分短缺，个别地区地方病防治出现滑坡。
全区地方病专业机构不健全，人员老化，队伍不稳定，素质低，设备短缺陈旧。我区有地方病专业机构6个，其中自治区级1个，盟市级5个，旗县和大部分盟市没有地方病专业机构，仅在疾病预防控制中心（卫生防疫站）内设地病科（室），有的地区已撤并。在专业人员中，由于工作条件艰苦，待遇低，流失现象严重，防治队伍不稳定，影响了地方病防治工作的正常开展。现有人员断层现象严重，直接影响到工作的开展。
二、指导思想和基本原则
（一）指导思想。
按照“政府领导、齐抓共管，预防为主、科学防治，突出重点、因地制宜，统筹规划、分步实施”的原则。
（二）基本原则。
1.各级人民政府要将地方病防治工作纳入当地国民经济和社会发展总体计划，加强领导、加大投入。各有关部门和单位要密切合作，加强协调，发挥各自优势，推动防治工作扎实有效、深入持久地开展。
2.通过改善病区群众的生产生活环境，广泛深入地开展健康教育活动，让群众了解地方病的危害和防治知识，形成健康的生产生活方式，主动地参与防治工作。
3.根据地方病流行特点和分布情况以及病区的自然、社会条件和经济发展水平，将对群众危害比较大、防治效果比较好的地方病作为防治重点，因地制宜地采取行之有效的综合防治措施。在进一步摸清地方病流行情况基础上，根据经济发展水平，采取“先重后轻、先集中后分散、先易后难”的原则，统筹安排，分步骤实施。
三、工作目标
（一）总目标。
到2010年，全区95％以上的旗县（市、区）要实现消除碘缺乏病目标，地方性氟中毒、地方性砷中毒等重点地方病的发病水平要明显降低，要有效地降低大骨节病、克山病的发病率。
（二）具体目标。
