1、对从事种植业、养殖业和农林产品初加工取得的所得暂免征企业所得税。其免征范围，根据《财政部
国家税务总局关于国有农口企事业单位征收企业所得税问题的通知》（财税字〔1997〕49号）的规定执行。
2、农产品加工企业研究开发新技术、新产品、新工艺所发生的各项费用在缴纳企业所得税前扣除；盈利企业研究开发新技术、新产品、新工艺所发生的各项费用，比上年实际发生额增长达到10%以上的（含10%），其当年实际发生的费用除按规定据实列支外，年终经由主管税务机关审核批准后，可再按其实际发生额的50%，直接抵扣当年应纳税所得额。具体抵扣办法根据《国家税务总局关于印发〈企业技术开发费税前扣除管理办法〉的通知》（国税发〔1999〕49号）的规定执行。
3、投资于符合国家产业政策的技术改造项目的农产品加工企业，其项目所需国产设备投资的40%，可从企业技术改造项目设备购置当年比前一年新增的企业所得税中抵免。具体抵扣办法根据《财政部国家税务总局关于印发〈技术改造国产设备投资抵免企业所得税暂行办法〉的通知》（财税字〔1999〕290号）的规定执行。
4、对经批准的国家、省、市级农产品加工龙头企业（下同）按国家高新技术目录和国家有关部门批准引进项目的良种和加工设备，除按《
国内投资项目不予免税的进口商品目录》所列商品外，免征进口关税和进口环节增值税。
5、为农产品加工业服务的农民专业合作组织从事新技术开发，新技术转让及与相关的技术服务，免征营业税；农业产前、产中、产后提供的技术服务或劳务，免征营业税。
6、龙头企业用于农产品生产基地、加工、临时交易的用地，只要土地非永久固化，在税费征收上视为农业用地对待。龙头企业农产品生产加工用地及生产生活用房等建筑，其土地使用税、房产税纳税有困难的，按税收管理权限报批减免。
7、对经批准的重点农业产业化龙头企业实行优惠政策，从2005年起，新建年销售收入5000万元以上的农产品加工龙头企业，经税务机关批准，暂免征企业所得税。
8、农产品加工龙头企业（增值税一般纳税人）购进农产品原料的进项税额扣除率，由10%提高到13%。列入市级以上农业产业化龙头企业的粮食加工企业，享受国有粮食购销企业同等待遇，免征增值税。对新建的农产品专业市场免收3年市场管理费。
