1．将辅导期一般纳税人异常发票审核检查结果为不允许抵扣的发票在CTAIS系统中进行销号。
2．CTAIS系统自动生成辅导期纳税人《辅导期一般纳税人比对异常发票审核检查（协查）结果通知书》及其发票明细文件（附件2），下发到电子申报客户端。
3．CTAIS系统根据《辅导期一般纳税人比对异常发票审核检查（协查）结果通知书》，自动减少《增值税纳税申报表附列资料（表二）待抵扣进项税额相应行次期末未抵扣份数、金额、税额。
4．纳税人根据《辅导期一般纳税人比对异常发票审核检查（协查）结果通知书》，次月申报时，在《增值税纳税申报表附列资料（表二）待抵扣进项税额相应行次填写按照税法规定不允许申报抵扣的发票的份数、金额、税额：
（1）第32栏填写按照税法规定不允许抵扣的防伪税控专用发票数据。
（2）第37栏填写按照税法规定不允许抵扣的海关完税凭证数据。
（3）第45栏填写按照税法规定不允许抵扣的废旧物资发票数据。
（4）第49栏填写按照税法规定不允许抵扣的货物运输发票数据。
九、辅导期一般纳税人经批准转为一般纳税人后，各分局应在CTAIS征管系统中，取消辅导期一般纳税人标识。其尚未收到稽核比对结果的待抵扣进项税额期初余额全部转为当期进项税额，并将其填列在《增值税纳税申报表附列资料（表二）第16行次“辅导期一般纳税人被批准为一般纳税人当期被允许申报抵扣”的份数、金额、税额栏。但主管税务机关必须对CTAIS中这部分待抵扣进项税额的明细清单，在收到总局稽核比对结果后，逐笔进行销号。若这部分待抵扣进项税额进项发票的稽核比对结果为异常，且经审核检查后，属于国税发[2004]119号文件规定的第二类问题的，应依有关规定分别进行补税、加收滞纳金、罚款；属于国税发[2004]119号文件规定的第三类问题的，移送检查部门立案查处。
对辅导期一般纳税人经批准转为一般纳税人2个月后，仍未收到总局稽核比对结果的待抵扣进项税额，主管税务机关必须进行审核检查。经审核检查后，属于国税发[2004]119号文件规定的第二类问题的，应依有关规定分别进行补税、加收滞纳金、罚款；属于国税发[2004]119号文件规定的第三类问题的，移送检查部门立案查处。
十、主管税务机关在受理辅导期一般纳税人纳税申报时，按照以下要求进行“一窗式”票表比对：
