第十二条 任何单位和个人都有保护三江并流遗产地资源的义务，并有权对破坏三江并流遗产地资源的行为进行检举和控告。
各级人民政府或者有关部门应当对在三江并流遗产地保护工作中取得显著成绩的单位和个人给予表彰奖励。
第十三条 三江并流遗产地中的自然保护区分为核心区、缓冲区和实验区。核心区禁止任何单位和个人擅自进入；缓冲区经有关行政主管部门批准可以进入从事科学研究或者观测活动；实验区可以进入从事科学试验、教学实习、参观考察、旅游以及驯化、繁殖珍稀、濒危野生动植物等活动。
三江并流遗产地中的风景名胜区实行三级保护。一级保护区内除必要的基础设施外，禁止建设其他设施；二级保护区内禁止建设与风景和游览无关的设施；三级保护区内的建设项目不得破坏景观、污染环境。
在三江并流遗产地风景名胜区一级保护区内，对保护三江并流遗产地确有不利影响的居民点，有关县人民政府应当拟定搬迁计划，按照审批权限报县级以上人民政府批准后，逐步实施搬迁。搬迁应当妥善安排搬迁户的生产、生活，保护其合法权益。
第十四条 任何单位和个人不得擅自向三江并流遗产地范围内引进外来物种；确需引进的，由省人民政府农业、林业行政主管部门依法审批。
第十五条 三江并流管理机构应当建立保护监测系统，定期对三江并流遗产地自然资源和人类活动情况进行监测。
第十六条 使用三江并流遗产地标识、标志的，由省人民政府三江并流管理机构按照有关规定和要求授权；未经授权，任何单位和个人不得使用。
第十七条 三江并流风景名胜区管理机构或者依法取得风景名胜资源有偿使用权的单位和个人，应当在三江并流遗产地风景名胜区内的危险地段设置警示标志、护栏等安全保护设施。
第十八条 在三江并流遗产地风景名胜区内从事经营活动的单位和个人，应当使用环保车船和电、气、太阳能等清洁能源；排放污水、烟尘以及产生噪音的，应当符合国家有关规定；生活垃圾应当进行无害化处理。
第十九条 三江并流遗产地内的建设项目，应当通过环境影响评价，符合三江并流遗产地规划要求。建设项目应当与环境相协调，民居建筑应当保持当地民族传统风貌。
