4、基本原则。
坚持保护者受益、损害者付费、受益者补偿的原则。生态环境是公共资源，环境保护者有权利得到投资回报，使生态效益与经济效益、社会效益相统一；环境开发者要为其开发、利用资源环境的行为支付代价；环境损害者要对所造成的生态破坏和环境污染损失作出赔偿；环境受益者有责任和义务向提供优良生态环境的地区和人们进行适当的补偿。
坚持统筹协调、共同发展的原则。坚持科学的发展观和保护观，使生态环境的保护与经济社会的发展协调统一起来。要坚持与时俱进的生态保护观，以经济发展为支撑，有效地保护和利用现有生态资源的存量。各地要多方支持欠发达地区和重要生态功能区的经济社会发展，促进保护地区与受益地区共同发展。坚持循序渐进、重点突出的原则。建立生态补偿机制既要着眼将来，按照循序渐进、先易后难的原则逐步解决理论支撑和制度设计的问题，深入探索和研究生态补偿的内在发展规律；又要立足当前，按照突出重点的原则，在充分总结现有生态补偿实践经验的基础上，确定生态补偿机制建立的核心内容和实施生态补偿的重点领域，使生态补偿机制发挥出最佳的整体效益。
坚持政府主导、市场参与的原则。要充分发挥各级政府在生态补偿机制建立过程中的主导作用，努力增加公共财政投入，完善政策调控措施；同时又要积极引导社会各方参与，逐步建立多元化的筹资渠道和市场化的运作方式。
坚持公平公开、权责一致的原则。生态补偿机制必须在公平公开的层面上运行，科学核算生态补偿的标准体系，建立阳光运作的补偿程序和监督机制，同时又要建立责、权、利相统一的行政激励机制和责任追究制度，形成“应补则补，该补则补，公众监督，奖惩分明”的有效运转体系。
三、建立健全生态补偿的公共财政制度
5、整合优化财政补助结构。设立生态补偿专项资金。进一步整合现有市级财政转移支付和补助资金，将生态市建设、环保补助、城建县（市）补助、工业企业技术改造财政资助、农村改厕经费、财政支农资金、扶贫帮困、造田改地、水利建设、农村改水等10项专项资金纳入生态补偿专项资金之中，形成聚合效应。纳入生态补偿专项资金的各类补助资金在资金安排使用过程中，各部门应按原资金使用渠道并结合生态补偿的理念制定或调整资金使用管理政策，结合年度环境保护和生态建设目标责任制考核结果安排项目，更加清晰地体现对欠发达地区和重要生态功能区的倾斜扶持以及对区域、流域生态环境作用明显的项目的支持。
