（一）合理划分合作医疗基金。各试点县（市）要坚持以大病统筹为主的原则，中央和地方各级财政补助资金用于建立大病统筹基金，并逐步从农民个人缴费中安排不低于2元的标准纳入大病统筹基金，用于参合农民的住院医疗费用报销和当年未享受新型合作医疗报销的农民健康体检。个人缴费的其余部分建立家庭帐户，由个人用于支付门诊医疗费用，家庭帐户资金可结转到下年度使用。
（二）合理确定报销标准。已开展试点工作的县（市）要在试点运行的基础上，合理调整现行的补助标准和报销比例。新增试点县（市）要在基线调查的基础上，合理确定报销标准和报销比例，使有限的新型合作医疗基金发挥最大的效益。既要防止补偿比例过低，基金节余过多，影响参合农民的积极性，又要防止补偿比例过高，出现基金透支风险。
（三）简化报销程序，方便群众报销。参合农民在县（市）内定点医疗机构住院发生的医药费用，可先由定点医疗机构初审并按本县（市）新型合作医疗相关规定垫付报销部分的费用，再由定点医疗机构定期到县（市）新型农村合作医疗管理办公室审核报销。参合农民在县级以上（不包括县级）医疗机构住院发生的医药费用，参照在县（市）内定点医疗机构住院报销的程序进行，即可先由参合农民在所在乡镇定点医疗机构或县级医疗定点机构初审，并按本县（市）新型合作医疗相关规定垫付报销部分的费用，再由定点医疗机构定期到县（市）新型农村合作医疗办公室审核报销。县（市）新型农村合作医疗办公室要及时审核定点医疗机构垫付资金，保证定点医疗机构的正常运转。新型农村合作医疗经办机构在审核诊疗项目和费用清单时，如发现定点医疗机构有违反本县（市）合作医疗相关规定发生的医药费用，不予核报，由定点医疗机构自行承担。
八、严格基金管理，确保基金安全。合作医疗基金实行收支分离、管用分离、用拨分离的管理办法。严格按照省财政厅、省卫生厅制定的《甘肃省新型农村合作医疗基金管理暂行办法》（甘财社〔2004〕81号），加强对合作医疗基金的管理。要建立和完善新型农村合作医疗风险基金管理和使用办法，防范合作医疗基金超支风险，保证新型合作医疗基金安全运行。要确定一家国有商业银行作为试点县（市）新型农村合作医疗基金代理银行。县级财政部门在代理银行开设“新型合作医疗基金财政专户”，用于对新型合作医疗基金实行专户储存管理。县（市）新型农村合作医疗管理办公室在代理银行开设“新型合作医疗基金支出专户”，用于基金的日常结算和管理。县（市）新型农村合作医疗管理办公室负责参合农民医药费用报销的审核。财政部门负责审批并开具申请支付凭证。代理银行负责办理资金结算业务，直接将垫付报销资金转入定点医疗机构的银行账户，真正实现新型合作医疗基金收支分离，管用分开，封闭运行。坚决杜绝挤占、挪用新型合作医疗基金，严禁强迫农民参加或强迫乡村干部、乡村医生为农民垫资缴费或虚报参合农民人数套取上级补助资金等违规行为。
