1.前期管理
各县（市）、区要把建设目标落实到镇、村、户，落实到具体项目，认真编制工程实施方案。工程实施方案、年度计划由各县（市）、区编制报市水利局组织审查，并与计划、财政部门商量后下达。除涉及重要建设条件协调必须由市按基建程序审批外，其余项目由各县（市）、区负责审批。市城管局要抓紧编制城市供水区供水规划，并指导各副中心城市制订供水规划。
2.建设管理
对规模较大的集中供水工程，要实行项目法人制、招投标制、工程监理制、合同管理制和质量监督制，同时建立工程进度、资金落实和任务完成情况等月报制度。对资金管理，按工程类别，设立财政专户，严格财务制度，加强监管力度。
3.竣工验收
项目按“谁审批，谁验收”的原则进行验收。项目建成后，建设单位应及时进行总结和自验，评估项目效益，并向审批单位提出验收申请，由审批单位组织验收。各级水利、城建（城管）部门要对项目完成后农民受益情况进行验收，定期通报情况。
4.运行管理
要认真研究、积极探索水厂（站）经营管理体制，引入市场化管理机制，确保长效，从根本上解决农民饮用水问题。
项目建成后，要切实落实运行管理责任和经费，确保工程效益的发挥。要建立合理的水价机制。集中供水工程应实行有偿供水、计量收费。按照“补偿成本、合理收益、优质优价、公平负担”的原则，合理确定供水价格。
对小型农民饮用水工程，以保证工程日常运行、维修和更新改造为前提，按供水成本计收水费，不以营利为目的。个别困难地方成本水价一时不能到位的，应确保运行费和维修费，在成本水价逐步到位的过渡期间，各地要采用财政补贴或乡村集体经济补贴的补偿措施。
六、加强饮用水源保护和水质监测
要划分水体功能区和生活饮用水地表水源保护区，实施排污总量控制，分质供水，加强饮用水源保护。同时要按各个水源地不同情况，以现状水质和目标水质为基础，分阶段分主次来制定水源保护规划和划定保护区。要加强水资源的监督管理、规范管理制度、强化管理手段，提高水资源利用效益，确保饮用水源水质。
各级水利、环保部门要加大饮用水地表水源水质的监测工作，各级卫生部门要定期对农民饮用水水质进行监测，及时通报农民饮用水水质状况。
七、加大对山区、半山区及海岛等经济相对落后地区的政策扶持
