（四）坚持区县统筹的原则。区县是农村新型合作医疗举办主体，农民大病医疗统筹应以区县为单位进行。
（五）坚持因地制宜、以收定支、保障适度、稳步推进的原则。各地要根据当地经济发展水平、财政状况、农民经济承受能力和医疗需求情况，制定新型农村合作医疗实施方案，做到既保证农民享有基本初级医疗保障，又使这项制度能够持续有效运行，防止出现新型农村合作医疗统筹资金亏损情况。各区县要不断总结工作经验，稳步推进新型农村合作医疗发展，并承担统筹资金赤字风险的责任。
三、加强机构建设
各区县政府要按照有关规定，认真落实新型农村合作医疗管理机构和经办机构的职能、编制、人员、工作经费、办公用房及办公设施，要将新型农村合作医疗管理机构、经办机构的人员和工作经费列入同级财政预算。按照“政事分开、管办分开”的要求，将新型农村合作医疗管理机构与经办机构分开设置，并按照工作需要合理配备工作人员，原则上经办机构的筹资、会计、出纳人员应分别设置。各区县新型农村合作医疗管理机构设在当地卫生行政部门。各乡镇社保所可承担乡镇新型农村合作医疗经办任务。市、区县卫生行政部门要对各级新型农村合作医疗经办机构加强管理和指导，提高管理人员和经办人员的政策水平和业务管理水平。
四、建立新型农村合作医疗筹资增长机制
新型农村合作医疗资金采取农民自愿出资，集体和政府多方筹资的方式筹集。
各区县要根据农民医疗需求和收入增长情况，在充分听取农民意见的基础上，逐步提高农民个人出资水平。可划分出若干出资档次，让农民自愿选择，按照农民出资档次，确定不同报销待遇，引导农民个人多出资，发挥新型农村合作医疗互助共济的作用。到2008年，农民个人出资标准逐步达到不低于当地农民上年人均纯收入的1%，村集体按照占村经济组织利润额2%左右的标准统筹出资。乡镇政府负责组织做好农民个人缴费的收缴工作，并积极探索符合农民意愿的各种有效、便捷的收缴方式。
市、区县和乡镇政府要根据当地经济社会发展情况，逐步提高对新型农村合作医疗的补助标准。市财政要重点加大对经济困难地区的转移支付力度，并逐年增加年人均补助标准。到2006年，对远郊区县山区半山区年人均补助35元，对远郊区县平原地区年人均补助25元，对近郊地区年人均补助15元；到2007年，在2006年基础上年人均增加补助5元；到2008年，达到对远郊区县山区半山区年人均补助45元，对远郊区县平原地区年人均补助35元，对近郊地区年人均补助20元。各区县、乡镇财政补助标准不低于每人每年35元，区县、乡镇具体补助比例由区县政府自行确定。
