改革的目标：（一）理顺管理体制，建立起省政府依法管理、监管部门依法监管、农村信用社依法自主经营的监督管理体制。（二）明晰产权关系，落实出资人责任，完善农村信用社法人治理结构，健全农村信用社内部控制制度。（三）完善服务功能，加强和改善农村信用社对“三农”的金融服务，拓宽服务领域，创新服务品种，增加服务手段。（四）化解金融风险，建立有效防范和化解农村信用社风险机制，促进各项业务全面发展，经营效益明显提高。
二、主要内容
（一）组建福建省农村信用社联合社
根据将农村信用社管理权交由省级政府负责的管理体制改革要求，成立福建省农村信用社联合社（以下简称省联社）。
省联社是由省内农村信用社设区市联社、县（市、区）联社（农村合作银行）（以下统称农村信用社）自愿出资入股组成，实行民主管理，具有独立企业法人资格的省级地方性金融机构。省联社作为省政府管理农村信用社的专门机构，承担对全省农村信用社的管理、指导、协调和服务职能。
为有利于加强对全省农村信用社的管理，省联社本着精简、高效的原则设置内部职能机构，并在设区市设立派出机构（以设区市为统一法人的除外）。
（二）因地制宜选择组织形式
我省农村信用社组织形式的改革主要根据我省实际情况，因地制宜，分类指导，尊重各地的选择。
1.组建农村合作银行。在经济比较发达、城乡一体化进度较快、农村信用社资产规模较大、资产质量较好、经营管理水平较高、符合《
农村合作银行管理暂行规定》条件的晋江、南安、石狮3个县级市，首批组建农村合作银行。
2.实行县级联社统一法人。在农村信用社经营状况较好，全辖农村信用社统算账面资能抵债，符合《农村信用社以县（市）为单位统一法人工作指导意见》条件的67个县（市、区），将乡镇农村信用社和县（市、区）联社各为法人改为县级联社统一法人。
3.实行设区市联社统一法人。目前，厦门市下辖6个区的农村信用社机构数量少、经营规模小、资产质量差异大，在自愿的前提下，通过合并，以设区市为单位实行联社统一法人。
在实行县级联社统一法人和实行设区市联社统一法人的基础上，对其中规模较大、经营状况较好、资产质量和管理水平较高，地处经济较为发达县（市、区）的农村信用联社，积极创造条件，在适当时候再逐步改组为农村合作银行。
