第二十六条 塔里木河干流和重要源流流域的水功能区划，由塔管局会同有关州、地水行政主管部门、环境保护行政主管部门和其他有关部门拟定，经自治区水行政主管部门会同同级环境保护行政主管部门审核后，报自治区人民政府或者其授权的部门审批。
其他源流流域的水功能区划由有管辖权的州、地、县(市)水行政主管部门会同同级环境保护行政主管部门和有关部门编制，经塔管局审核后，报本级人民政府审批。
第二十七条 向塔里木河干流和源流排水或者退水，应当符合水功能区划要求和规定的排放标准。
在塔里木河干流新建、改建或者扩建排污口，应当经塔管局审查同意，在塔里木河重要源流新建、改建或者扩大排污口，应当经有管辖权的水行政主管部门或者源流流域管理机构审查同意。经审查同意，新建、改建或者扩大排污口的，由环境保护行政管理部门负责对该建设项目的环境影响报告书进行审批。
第二十八条 塔里木河干流河道(包括台特玛湖)由塔管局负责管理，源流河道由有管辖权的水行政主管部门或者流域管理机构负责管理。
第二十九条 禁止在塔里木河流域围垦河道。确需围垦的，应当进行科学论证，经自治区水行政主管部门审查同意后，报自治区人民政府审批。
第三十条 塔管局应当加强对流域内主要节点水量和水质的监测，建立流域水文、气象及有关信息数据库。
流域内各州、地、兵团各师和水文、气象、环保等部门应当定期向塔管局报送灌排水计划、水量和水文、气象、水质、水土流失监测等各种信息数据、资料。
第三十一条 塔里木河流域开发、利用、节约、保护水资源和防治水害的主要资金来源：
(一)中央用于塔里木河流域的各项水利建设项目资金；
(二)自治区及流域内地方财政预算安排的用于塔里木河流域的各项水利建设项目资金；
(三)以合法方式筹集的资金；
(四)各类赠款和贷款；
(五)收取的水资源费和水费；
(六)其他资金。
第三十二条 使用塔里木河流域综合治理项目资金的，应当向塔管局提出申请，并附具项目批准文件等有关资料，经塔管局审查后，按规定程序报批。
