云南省深化农村信用社改革的指导思想是：以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，认真贯彻和落实党的十六大和十六届四中全会精神以及国务院关于深化农村信用社改革的要求，坚持市场化改革取向，以服务农业、农民、农村为宗旨，按照“明晰产权关系，强化约束机制，增强服务功能，国家适当支持，地方政府负责”的总体要求，围绕不断改善农村金融服务，加文金融支农力度这一首要目标，逐步推进和完善管理体制和产权制度
改革，促进农村信用社加强内部控制，转换经营机制，真正成为自主经营、自我约束、自我发展和自担风险的市场主体，真正成为服务“三农”的社区性地方金融机构。
云南省深化农村信用社改革的基本原则：
一是坚持因地制宜、分类指导的原则，探索和完善股份合作制、合作制等产权制度改革，建立与各地经济发展电农村信用社管理水平和资产状况相适应的组织形式。
二是依据市场经济规则，坚持继承和创新的原则，通过明晰产权关系，完善法人治理结构，强化自我发展、自我约束机制。
三是坚持为“三农”服务的原则，改进服务方式，增强服务功能，提高服务水平。
四是按照权责利相结合的原则，充分调动和发挥各方面的积极性，加强配合，明确责任，建立健全风险防范和处置机制。
五是遵循稳定、改革、发展相统一的原则。在稳定中深化改革，在改革中促进发展，在发展中化解风险。
六是坚持农村信用社在改革中的主体地位，紧紧依靠广大干部职工推进改革，使改革成为农村信用社干部职工的自觉行动。
三、改革的总体目标
按照“国家宏观调控、加强管理，省级政府依法管理、落实责任，农村信用社自我约束、自担风险”的要求，建立起农村信用社新的监督管理体制。通过明晰产权关系，落实出资人责任，完善法人治理结构，进一步建立健全内控制度，形成有效防范和化解农村信用社风险的机制，更好地支持“三农”的发展。到2008年末，全省农村信用社、农村合作银行（以下简称农合行）法人机构控制在400家以内，各项存款余额突破1000亿元，各项贷款余额在2003年末的基础上翻一番：不良贷款率降至15%以下；资本充足率：农合行达8%以上，实行县级统一法人体制的农村信用社达4%以上，维持现行两级法人体制的农村信用社达2%以上；农合行和县级统一法人农村信用社全部实现盈利，全省盈亏相抵盈利3亿元以上。
