防治工作目标分为到2006年底和2010年底两个阶段。
（一）第一阶段目标
1、2005年底前，西安、宝鸡、咸阳、铜川、渭南市和杨凌示范区城市污水处理率总体达到45%以上。
2、2005年底前，沣河、（氵＋皂）
河（含太平河）COD年排放总量比2003年削减20%，控制在5.24万吨以内。
3、2006年底前，沣河入咸阳断面达到地表水Ⅳ类水质标准；（氵＋皂）河（含太平河）消灭黑臭，（氵＋皂）
河和太平河COD年排放总量比2003年削减30%，控制在4.1万吨以内。
4、2006年底前，小韦河、新河、尤河主要污染物COD比2003年削减30%以上。
5、2006年底前，渭河及其支流上的重点污染源要实现废水达标排放，对不符合国家产业政策的重点污染企业予以淘汰、关停。
（二）第二阶段目标
1、2010年底前，西安、宝鸡、咸阳市和杨凌示范区生活污水处理率达到70%以上；铜川、渭南市及渭河流域各县区城镇生活污水处理率达到60%以上；大、中城市及有条件的县区要建设污水回用设施，中水回用率平均达到30%以上。
2、2010年底前，城市工业用水重复利用率，西安市要提高到75%；宝鸡、咸阳市和杨凌示范区提高到70%；铜川、渭南、兴平、韩城、华阴市提高到65%；其他县不得低于60%。
四、工作措施与要求
（一）明确职责，落实责任。各级政府和有关部门要把渭河流域水污染防治工作列入重要议事日程，高度重视，真抓实干，密切协作，相互配合，确保按期完成整治任务。沿渭各市区政府是渭河流域水污染防治工作的责任主体，要根据《实施方案》要求，结合各地实际，研究制订切实可行的具体实施意见并认真组织实施。
省级各有关部门也要明确职责，落实责任，齐抓共管，切实做好业务指导及各项工作。综合协调行政主管部门负责将防治计划纳入国民经济和社会发展计划，采取综合开发配套建设措施，在产业结构调整中予以体现和落实。同时加大监督检查应淘汰的落后生产能力、工艺和产品的力度。尽快出台和落实城镇污水处理收费价格政策；建设行政主管部门负责城市环境保护基础设施建设和运行，组织实施《渭河流域城镇污水处理设施建设规划》；水利行政主管部门负责水资源合理调配，保证河道的生态用水量，审批并监督在河道、渠道等水利工程内排污口的设置；农业行政主管部门负责加强对农业生态环境的保护，加强农药、化肥、农用塑料薄膜对农田污染的监督管理，推广节水灌溉；林业行政主管部门负责对森林资源保护实施监督管理，发挥森林涵养水源的作用；财政行政主管部门负责渭河流域水污染防治资金的落实；工商行政主管部门负责依法对违法企业下达取缔关闭决定及注销或吊销其营业执照，对无照经营的不法企业依法予以取缔；环保行政主管部门负责对企业环境行为的统一监督管理，加大执法检查力度，依法查处环境违法问题；司法行政主管部门负责组织环保法制的宣传与教育活动，为开展专项行动营造良好的法治环境，对群众维护环境权益的行为提供必要的法律帮助。
各有关部门要按期完成所承担的渭河水污染防治任务，对应予关停取缔的污染企业，环保部门要吊销其排污许可证，工商部门要吊销其营业执照，供电部门停止供电，供水部门停止供水，金融部门不予贷款。
