保护区管理处应当按照市政府批准并公布的保护区范围，在保护区边界的显著位置设置区域界标。
第六条 （封区管理期）
在每年5月1日至9月30日的中华鲟幼鱼集中活动期间，保护区实施封区管理。封区期间，禁止从事渔业等生产经营活动。
第七条 （非封区管理期）
非封区管理期间，渔民进入保护区从事渔业生产活动的，应当依法办理捕捞许可证。
第八条 （禁止行为）
禁止任何单位和个人在保护区内从事下列活动：
（一）破坏、损毁或者擅自移动保护区界标和保护设施；
（二）排放、倾倒或者弃置污染物；
（三）采用投毒、爆炸或者电捕等方式采捕水生动植物；
（四）搭建、爆破、钻探；
（五）挖泥、烧荒、开垦；
（六）其他影响中华鲟栖息生存环境的活动。
第九条 （科研活动的申请和审批）
因教学实验和标本采集等需进入保护区从事有关科学研究活动的，应当向保护区管理处提交书面申请；境外组织或者个人进入保护区从事科学研究、教学实验和标本采集活动的，应当向市农委提交书面申请。
书面申请应当包括以下内容：
（一）申请人的基本情况；
（二）进入保护区实施的具体项目和主要目的；
（三）预定活动的时间、内容、规模、人数、范围以及使用的相关设备等。
市农委或者保护区管理处应当自受理申请之日起20个工作日内，作出审批决定。经审批同意的发给《保护区通行证》；不同意的应当书面说明理由。
进入保护区从事科学研究等活动需捕捉中华鲟或者采集中华鲟鱼类标本的，经受理申请的部门审核，并向国务院渔业行政主管部门申请特许捕捉证后，方可从事相关活动。
第十条 （进入人员的总量控制）
保护区管理处应当会同崇明县政府以及渔政等相关管理部门，制定对封区和非封区管理期进入保护区从事科学研究等活动人员的总量控制计划。
第十一条 （紧急情况下的进入）
因防汛抗灾、灾害性天气影响等紧急情况进入保护区的，应当遵守保护区的各项规定，并向保护区管理处通报；相关情形消除后，应当立即退出保护区。
第十二条 （突发事件处理）
