经过测算，在考虑票据置换因素后，核心资本充足率达到4%以上、不良贷款率低于15%的随州、钟祥联社等4个单位，在原联社的基础上，组建农村合作银行。对不符合组建农村合作银行的其他79个县（市、区）联社，在考虑票据置换因素，账面资能抵债、核心资本充足率达到2%以上后，进行以县（市）为单位统一法人改造。
（三）转换农村信用社经营机制。通过改革，按照“自主经营、自我约束、自我发展、自担风险”的“四自”原则，建立健全信用社激励和约束机制，切实加强内部管理，提高经营效益，防范和控制经营风险。
1、完善法人治理结构。按照现代企业制度的要求，健全社员大会、理事会、监事会“三会”组织，完善“三会”议事规则，建立决策、执行、监督相制衡，激励和约束相结合的经营机制。
2、加强内控管理。明确理事会和高级管理人员的职责和权限，建立科学有效的激励约束机制；建立健全资金业务、存款与柜台业务、中间业务、财务会计、计算机信息系统和安全经营等内控制度；划分部门之间、岗位之间、上下级之间的职责，实行责、权、利相结合；建立内部控制的评价体系，增强风险防范能力。
3、创新人事分配制度。建立公开公平竞争择优的选人用人机制；实行从业人员资格考试制度，严格考核从业人员素质能力；抓好职务设置与岗位设置，做到因事设岗、按需设岗，推行全员聘用制度；实行绩效分配制度，将个人收入与工作绩效挂钩，合理拉开收入分配差距，逐步完善收入分配机制。
4、增强服务功能。牢固树立为农业、农村、农民服务的经营思想；不断壮大支农资金实力，增加支农贷款额度，支持农村产业结构调整和产业化经营，农村信用社70%的资金要投入到“三农”；拓宽为民便民的服务领域，发展中间业务，开创适合农业、农村、农民需要的新贷款品种；加强电子网络建设和开展信用户、信用村（镇）创建活动，全面提升现代化服务水平。
三、改革配套政策
（一）用好国家对农村信用社的扶持政策。为确保农村信用社改革工作顺利实施，并取得实效，要认真落实、充分用好国家关于深化农村信用社改革的优惠政策。
1、财政贴补政策。对亏损农村信用社1994年至1997年期间因执行国家宏观政策开办保值储蓄而多支付的保值贴补利息，由国家财政在3年内予以拨补。
2、税收优惠政策。从2004年1月1日起至2006年12月31日，对农村信用社一律暂免征企业所得税。从2004年1月1日起，对农村信用社按3%的税率征收营业税。2004年已多征收的税款实行退库。
