要坚持“以收定支，量入为出，逐步调整，保障适度”的原则，科学合理地确定大额或住院医药费用起付线、封顶线和补偿比例，并根据实际情况及时调整。制定或调整方案时，既要防止补助比例过高发生基金透支，又不能因补偿比例太低，使基金沉淀过多，影响农牧民受益。原则上，在乡（镇）卫生院住院起付线标准不得高于200元，大额或住院医药费用补偿比例不得低于30%，年度基金余额应控制在15%以内。
三、加强合作医疗基金的筹集和管理
对农牧民个人缴费，各地可根据实际情况，由乡（镇）财税部门代收，也可采取符合农牧民意愿的其他收缴方式。不论采取哪种收缴方式，都必须在农牧民自愿参加并签约承诺的前提下开具由自治区财政厅统一印制的专用收据，确保资金安全，手续健全。
无论是已经启动试点工作和以后将要列入试点范围的试点县，都必须由县级财政部门在银行设立基金专用账户，所有资金全部进入代理银行基金专户存储、管理。试点县合管办负责审核、汇总，财政部门负责审核并开具申请支付凭证，代理银行负责办理资金结算业务，并直接将资金转入定点医疗机构的银行账户。做到银行管钱不管账，合管办管账不管钱，实现“钱账分离、管用分开、基金封闭运行”。地、州、市、县（市）各级财政承诺的补助资金要及时拨付到位。农牧民自筹资金和当地政府补助资金不到位的县（市），中央及自治区将不拨付补助资金，坚决杜绝套取中央和自治区补助资金的现象。
四、要以认真、负责的态度，慎重选择试点县（市）
自治区人民政府决定，在继续抓好13个县（市）试点工作的基础上，2005年我区将进一步扩大试点范围，选择条件成熟的县（市）开展试点工作。具体条件：一是县（市）人民政府特别是主要领导高度重视，积极主动地提出申请；二是县（市）卫生行政部门组织管理能力和县、乡、村三级医疗卫生服务机构健全、服务能力较强；三是县（市）级财政能兑现对参加合作医疗的农牧民每人每年不低于2—5元的资金补助（国家、自治区级贫困县除外）；四是县（市）财政能够安排试点工作经费并列入财政预算（国家、自治区级贫困县除外），同时解决试点工作启动经费；五是完成乡（镇）卫生院上划县级卫生行政部门管理的工作；六是农牧民对新型农牧区合作医疗基本政策知晓率达90%以上，预期参合率不低于70%；七是在上述各项条件相同或相似的情况下，优先选择贫困县和边境县。申请试点的县（市）人民政府要对照以上申报条件，以书面形式向州、市、地人民政府、行署提出申请，由地、州、市审核同意后，书面报自治区农牧区卫生工作协调领导小组办公室（设在卫生厅农村卫生管理处），经自治区组织专家指导组现场评估，符合申报条件的，报经自治区协调领导小组批准，确定为试点县（市）。2005年新增加的试点县（市）一经确定，要尽快组织开展基线调查、制定方案、宣传动员、筹集资金等各项工作，并在规定的时间内实施新型农牧区合作医疗试点工作。
