社会办医疗机构应在领取营业执照或登记证书之日起30日内，持有关证件，向主管税务机关申请办理税务登记。社会办医疗机构依法享受国家规定的税收优惠政策。社会办经营性医疗机构以及社会办公益性医疗机构的应税项目，应使用由税务部门监制的统一发票；社会办公益性医疗机构的非应税项目，应使用“上海市民办非企业单位统一发票”。税务部门和社团管理部门应在卫生部门的协同下，分别制发符合医疗行业特点的专用发票。
　　（三）内部运行制度
　　社会办医疗机构应建立健全法人治理结构，完善内部管理制度。社会办公益性医疗机构的会计核算和财务管理，执行财政部、卫生部颁布的《医院会计制度》和《医院财务制度》等有关规定，并依法接受审计部门的审计监督。社会办经营性医疗机构的会计核算和财务管理，参照执行企业的会计、财务制度。
　　社会办经营性医疗机构的工资标准和分配方式，参照现行民办企业工资管理办法执行。社会办公益性医疗机构，总的分配比例参照政府所办公益性医疗机构的标准，在遵守有关法律法规的前提下，内部员工的薪酬可适当拉开差距。
　　（四）资产、土地政策
　　社会办医疗机构对投资者投入的资产、受赠的财产及办院积累等资产，享有法人财产权，其他任何组织和个人不得侵占。
　　社会办公益性医疗机构自用的房产、土地、车辆等税费方面，享受与政府所办医疗机构同等优惠政策。卫生用地不得用于其他用途，也不得以卫生用地等为他人提供财产担保。社会办医疗机构的投资者在将所办公益性医疗机构作贷款抵押时，所贷资金必须用于所办公益性医院自身的发展。
　　（五）医保定点政策
　　凡符合区域卫生规划要求，提供基本医疗服务的社会办医疗机构，其医保定点资格与政府所办医疗机构同等对待。具体由医保部门根据本市区域卫生规划布局、基本医疗服务需求等因素进行定点资质认定，并根据医疗机构所提供基本医疗服务的质量、价格等要素，实行承诺制和契约化管理，按照公平竞争的原则获取定点资格。
　　对原已纳入医保定点的医疗机构改制为社会办医疗机构的，由医保部门进行医保定点资格的再认定工作，对于符合定点管理规定的，原则上可保留其定点资格，并由医保部门进行医保定点和服务行为的统一管理。
　　（六）其他政策
　　社会办医疗机构在人才引进、卫生技术和管理人员的技术职称评定、参加学术组织及学术活动、科研课题招标、医学院校实习医院资格、120急救绿色通道定点医院、政策信息服务、政府购买社区卫生服务等方面的待遇，享受与政府所办医疗机构同等的政策。

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