第一阶段（2005－2007年）：根据我区重点产业和主导产品的发展方向，在国际和国内有影响的大宗、优势、特色、出口和对我区生态有重大影响的农产品建立标准体系。制定农业标准800项。
种植业：建立库尔勒香梨、鲜食葡萄、酿酒葡萄、哈密瓜、彩色棉花、细绒棉、长绒棉、亚麻、糖用甜菜、小麦、玉米、水稻、加工番茄、啤酒花、红花、无公害蔬菜、苹果、石榴、杏19个标准体系。新制定农业标准190项。
畜牧业：建立奶牛、肉牛、肉羊、细毛羊、绒山羊、伊犁马、羊肉、山羊绒、羊肠衣、蛋鸡、肉鸡、吐鲁番斗鸡、新疆鹅、苜蓿、饲用玉米、冷冻精液16个标准体系。新制定农业标准160项。
林业：建立天山马鹿、枸杞、林纸一体化、哈密大枣、核桃、巴旦木、阿月浑子、杨树、天山云杉、西伯利亚落叶松、西伯利亚红松、雪莲12个标准体系。新制定农业标准100项。
渔业：建立鲤鱼、鲢鱼、草鱼、罗非鱼、团头鲂、虹鳟鱼、高白鲑7个标准体系。新制定农业标准100项。
农机：健全主要农机田间作业规程、作业质量和验收为重点的标准体系。新制定农业标准100项。
其它：建立健全有机食品、绿色食品、无公害农产品生产标准体系。新制定农业标准150项。
第二阶段（2008－2010年）：按照《自治区主要农产品目录》，逐步建立和健全其它农产品质量安全标准体系。制定农业标准700项。
种植业：粮食、油料、豆类等，新制定农业标准200项。
畜牧业：肉制品、乳制品、禾本科牧草、人工草场等，新制定农业标准100项。
林业：生态林（白榆、胡杨、梭梭、柽柳、沙棘、沙拐枣等），硬杂木用材林（柳树、黄菠萝、梓树、夏橡等），地产花卉（一品红、郁金香、仙客来、一串红等），新制定农业标准150项。
渔业：新疆土著鱼类（丁鱼岁、白斑狗鱼、河鲈、裸腹鲟、北极鱼回、塔里木裂腹鱼、欧鲶、梭鲈、哲罗鲑等），新制定农业标准100项。其它：农药（兽药）、肥料合理使用、农机化等，新制定农业标准150项。农产品质量安全标准体系按照自治区地方标准DB65燉2035.2－2003《标准体系工作导则第二部分：农业标准体系框架与要求》规定编写。
八、效益预测
农产品质量安全标准化体系的建设完成，将科学、规范地约束、指导农业、林业、畜牧业和水产业发展，通过在生产实际当中的应用，可大大提高农产品质量，降低成本，提高农产品的安全水平，加快科学成果的转化率，将产生积极的经济、社会和生态效益。
（一）社会效益
