第二阶段即2005年下半年至2007年年底：组织实施各项工作任务，从制度建设入手，注重制度措施的落实，讲求依法行政的效果，从根本上促进政府职能转变和实现体制创新。
第三阶段即2008年上半年：进行阶段性调研、总结，推广先进经验，巩固取得的成果，提出进一步深化改革，全面建设法治政府的工作意见。
四、实施措施
（一）加强组织领导，落实工作保障。各地各部门要结合本地区、本部门工作实际，切实加强对贯彻实施《纲要》和《意见》工作的领导。县级以上人民政府要建立贯彻实施《纲要》领导小组，组长由政府主要领导担任。领导小组办公室设在政府法制办公室，负责拟定推进依法行政的年度工作计划，负责推进依法行政的协调、指导、监督和考评工作。各级人民政府和政府各部门是贯彻实施《纲要》和《意见》的主体，要把贯彻实施《纲要》和《意见》列入重要议事日程，给予充分的人力物力保障，并采取切实可行措施，认真组织实施各项工作任务。各级人民政府和政府各部门的主要负责同志要切实担负起贯彻实施《纲要》和《意见》第一责任人的责任，一级抓一级，逐级抓落实。
（二）扎扎实实开展学习、宣传、培训工作。各级人民政府和政府各部门要按照《意见》的要求，认真组织行政机关工作人员学习《纲要》，并采取多种形式，大力宣传《纲要》。要通过组织自学和举办学习班、研讨班、报告会等方式，加深行政机关工作人员对《纲要》的理解，提高对依法行政的认识，把思想统一到《纲要》规定的精神上来，从根本上转变不适应依法行政的思想观念、工作习惯和工作方法。
（三）认真制定本地本部门贯彻实施《纲要》的具体措施。《纲要》蕴含着依法行政的理论创新、制度创新、机制创新和方法创新的要求，因而必须积极而审慎地推进。各地各部门要按照本方案确定的任务，联系本地本部门工作实际，抓紧制定切实可行的工作方案或实施意见，有目标、有步骤地组织实施。
（四）加强重点指导，推行试点工作，实现以点带面，重点突破，整体推进。各地各部门要把贯彻实施《纲要》和《意见》作为政府管理创新的一项重要内容，抓紧制定措施，拟定工作方案，精心组织实施。要选择1—2个地方、部门作为贯彻实施《纲要》的示范点，重点指导，认真总结经验，以点带面，实现整体推进，确保《纲要》和《意见》的贯彻落实。
（五）加强信息交流反馈，及时上报情况。贯彻实施《纲要》和《意见》是当前和今后一个时期政府工作的基本任务，各级人民政府和政府各部门要及时总结工作中的新情况、新问题，认真组织调查研究，积极推广新经验。要加强各地各部门的信息交流，及时反馈上报情况，适时向政府和部门领导提出对策和建议。（六）切实抓好督促检查工作。各级人民政府和政府各部门要按照国务院和省人民政府的要求，认真组织实施《纲要》和《意见》，将本地区和本部门的具体措施落到实处，并抓好督促检查。省人民政府各部门承担各项工作任务的牵头单位要切实担负起统筹协调的责任，制定工作计划，明确工作进度，抓好落实工作。其他相关部门要主动配合，积极参与，共同完成好所承担的任务。政府法制工作部门要认真做好协调服务、督促指导、政策研究和情况交流工作，充分发挥参谋、助手和法律顾问的作用。
