（五）产权管理处（预算处）
研究并拟订有关国有资产产权管理的规章、制度和办法；负责所监管企业国有资产产权界定、登记、划转、处置及产权纠纷调处等工作；负责国有资产评估项目的核准和备案；负责国有股权管理工作，审核所监管企业资本金变动和股权转让方案；组织协调重大资产重组工作；对所监管企业国有资产进行预算管理，负责编制所监管企业国有资产经营预算，对国有资本收益进行管理和监督；负责国有资产产权交易的管理和监督工作；组织实施事业单位国有资产委托监管工作。
（六）集体资产管理处
负责市属企业集体资产管理工作，负责集体产权界定工作；指导改制企业的集体资产剥离和不良资产核销工作；会同有关部门组织清算和监缴被撤消、被解散企业的集体资产；负责全市集体资产评估管理工作，调解集体资产评估纠纷；组织实施集体企业的清产核资工作。
（七）审计处
组织实施对所监管企业绩效审计、企业负责人经济责任审计和离任审计；依法指导和监督所监管企业的内部审计工作；提出重大决策责任追究的建议。
（八）企业领导人员管理处
按照管理权限，承担对所监管企业领导班子及成员的考察工作并提出任免建议；考察推荐董事、监事及财务总监人选；探索符合社会主义市场经济体制和现代企业制度要求的企业领导人员考核、评价和选任方式。
（九）宣传教育处
负责所监管企业党的组织建设、思想建设工作；指导所监管企业思想政治工作、企业文化建设和精神文明建设工作；负责所监管企业经营管理人员和委机关的教育培训工作。
机关党委（人事处与其合署）。负责委机关党的工作和机关人事管理工作。
另按有关规定设置纪检监察机构。
四、直属机构
南京市市级国有企业监事会工作办公室（董事监事工作处）
根据《
公司法》、《
企业国有资产监督管理暂行条例》、《
国有企业监事会暂行条例》及有关规定，拟订向所监管企业委派董事、监事和财务总监的工作方案；建立董事会、监事会和财务总监监督管理制度；对所派董事、监事和财务总监工作进行考核，提出奖惩意见；负责与所派董事、监事联系工作。
