1.产权关系不明晰，定位不明，导致利益主体缺位，法人治理结构不完善是当前信用社面临的突出问题。股金额度低，股权结构单一分散不固定，不利于筹集管理股金，在一定程度上制约了信用社发展。相关部门对信用社政策倾斜、支持力度不够以及有关部门的干预都不同程度的影响着信用社的经营和决策，致使决策效率低下，风险增加。
2.个别企业或个人恶意逃废信用社债务，造成债权无法落实，大量资金形成事实损失。特别是1997年以前，信用社自身违规经营比较普遍，历史包袱沉重，历年亏损严重，部分信贷资金已形成巨额损失。近年来个别信用社由于没有积极研究和开拓农村市场，一味的追求效益，将吸收存款投入高风险领域，偏离“三农”服务的经营方向。
3.信用社现有硬件条件差，服务功能不健全，基础工作薄弱，内控制度不健全，人员业务素质偏低，制度贯彻执行不力，核算观念不强，财经法纪观念淡薄，从而难以保证资产的安全和完整，削弱了农村信用社的经营能力。
4.长期以来对农村信用社监督处于“半真空”状态。农村信用社1984年成立，原隶属农业银行，1998年人民银行管理，2003年划归银行监管部门管理。20年来信用社除接受内部稽核外，基本没有接受外部监督，违规经营贷款、管理混乱及违纪案件时有发生。而且目前我区农村信用社行业管理办公室隶属新疆银监局，既是“运动员”又是“裁判员”，管理监督职能不分。
四、审计意见和建议
深化农村信用社改革，改进农村金融服务，关系到农村信用社的健康发展，事关农业发展、农民增收、农村稳定的大局。为加快农村信用社改革，规范管理，防范和化解金融风险，充分发挥农村信用社农村金融主力军和联系农民的金融纽带作用，更好地支持农村经济结构调整，促进城乡经济协调发展。为此我们建议：
（一）进一步加强对农村信用社现场、非现场检查、监测和监管力度。根据审计调查结果，自治区审计厅依据法律规章针对会计信息失真、财务管理中存在的问题已限期予以纠正。对上述违规贷款、经营的问题，建议中国银行业监督管理委员会新疆银监局加大对农村信用社的金融监管力度，限期相关农村信用社整改纠正，积极清收贷款，以减少损失；对严重违纪的高级管理人员的任职资格予以撤消；因领导渎职，给社员和集体造成重大损失的，应依法追究法律责任。
（二）加大对高风险信用社撤销、兼并和重组的步伐。建议中国银行业监督管理委员会新疆监管局按照《
金融机构撤销条例》对少数严重资不抵债、高风险、违规经营、管理混乱严重的农村信用社予以撤销，将其存贷款等业务划归附近农村信用社管理；对机构设置在城区或城郊、支农服务需求较少的信用社，采取有效措施，通过兼并和重组等手段予以合并，使保留的农村信用社增强抵御化解风险的能力。
