1、社员（股东）代表大会。社员（股东）代表大会由入股自然人和法人选举产生，其中自然人中农民代表以乡（镇）为单位推荐产生。社员（股东）代表大会的主要职责是决定农村信用社的重大事项，确立其为“三农”服务的制度。
2、理（董）事会。理（董）事会由社员（股东）代表大会推选产生。理（董）事会执行社员（股东）代表大会的决议，负责信用社经营管理中重要事项的决策，发挥自我发展、自我约束的作用，同时对决策失误造成的经营损失承担直接责任。实行理（董）事长和主任（行长）分设制度。理（董）事长为信用社的法定代表人，主任（行长）由理（董）事会聘任，并在授权范围内开展经营活动，实行任期目标责任管理。农村合作银行应设立独立理（董）事。
3、监事会。监事会由社员（股东）代表大会推选产生。监事会主要负责对农村信用社服务方向、风险控制和财务管理的监督。
社员（股东）代表大会、理（董）事会、监事会的职能在章程中予以明确界定，以确保法人治理结构的正常运作。
（四）经营管理机制改革
按照农村经济发展的新形势和市场经济原则以及广大农民的实际需要，各级农村信用社要合理确定机构和岗位设置，切实转换经营机制，完善相应的规章制度，不断提高金融服务水平。
1、要努力拓宽服务领域，创新服务品种，增强服务功能，充分发挥机构网点优势，提高支农服务水平。
2、要改进服务方式，按照方便、灵活、安全的要求简化手续，大力推进农户小额信用贷款和农户联保贷款。
3、要完善民主管理制度。全面维护入股农民的权益，实行贷款、财务公开，增强透明度，接受群众的监督。
4、要建立健全严格有效的内控管理制度，防范和控制新的经营风险。
5、要改革劳动用工和分配制度。实行全员劳动合同制，建立竞争上岗、择优用人的机制和从业人员资格考试制度，做到人员能进能出，职工收入与经营效益和工作业绩挂钩，合理拉开收入差距，充分调动广大职工的工作积极性。
6、要引入现代金融管理制度和流程。利用信息手段，建立风险识别与评价、成本控制等机制，强化对信贷投放、费用开支、成本核算等业务的监督管理，全面提高内控管理水平和资金营运质量。
三、扶持政策
（一）积极用好用足国家扶持政策
为确保农村信用社改革试点工作顺利实施，并取得实效，要认真落实、充分用好国家有关深化农村信用社改革试点的优惠政策。
1、对1994年至1997年期间亏损农村信用社因执行国家宏观调控政策开办保值储蓄而多支付的保值贴补息，由国家财政在3年内予以拨补。补贴我省的数额为11.63亿元（以财政部审核认定数为准）。
