一级保护区，为大小石林、乃古石林、芝云洞、奇风洞、长湖、月湖、大叠水等七个风景游览区，及大小石林至乃古石林至芝云洞的风景沿线，面积15．76平方公里。
二级保护区，为一级保护区外围的景观保护区域，面积28．14平方公里。
三级保护区，为二级保护区以外的环境协调区域，面积306．10平方公里。
第六条 各级保护区范围，应当标明区界，立碑刻文。各种标记、界碑不得移动、损坏。
第七条 保护石林风景区原有的自然风貌，防止人工化和城市化倾向。在一级保护区内，除按规划统一设置必要的游览设施外，不得新建其他设施；在二级保护区内，不得新建与风景和游览无关或者破坏景观、污染环境的建设项目和设施。
原有设施不符合上述规定，应当按照规划要求进行改造或者拆除。
第八条 严格保护石林风景区的地质地貌和自然景观，禁止随意题字和刻画石景；禁止损坏和销售石峰、石芽和石笋、石钟乳、石柱及其他石景。在一、二级保护区内，禁止开山采石、挖沙取土、开垦荒地。
第九条 严格保护石林风景区的花草树木和自然植被。不得砍伐、攀折、刻划树木；不得践踏、采摘花草；不得在一级保护区内放牧和野炊。
在石林风景区内的所有树木，依法划定的权属不变，确需砍伐的，必须先经石林风景区管理机构同意，再报县林业管理部门办理砍伐手续，并按规定补种树木和交纳育林基金。
第十条 严格保护石林风景区的野生动物，不得伤害和捕杀。
第十一条 严格保护石林风景区的人文景观。不得刻划、涂抹、损坏或者破坏摩崖石刻等文物古迹和革命遗址、园林建筑；不得进行有损本地区民族风情的活动。
第十二条 严格保护石林风景区公用工程设施、游览设施、生活服务设施，不得损坏和破坏。
第十三条 石林风景区应当保持清洁、卫生，不得乱丢果皮、纸屑和乱倒乱堆垃圾、废弃物。
第十四条 石林风景区的水库、长湖和溶洞内的水体，按国家《ＧＢ3838－88地面水环境质量标准》Ⅱ类标准保护；月湖、大叠水、石林湖、剑峰池及其他水体，按Ⅲ类标准保护。
